中共红四军七大通过的有关决议案和毛泽东、刘安恭等的信件，通过中共福建省委的秘密交通送到中共中央。
1929年8月13日，中共中央召开政治局会议进行讨论，认为这个决议案“有些是正确的，有些是不正确的”；刘安恭的信将毛泽东、朱德分成两派，许多是不符合事实的，在故意造成派别。会议决定：由周恩来起草一封致红四军前委的信，要他们努力与敌人斗争，军委可暂不设立，军事指挥由军长、党代表管理，调刘安恭回中央。
8月21日，中共中央发出由周恩来起草的给红四军前委的指示信，强调“红军不仅是战斗的组织，而且更具有宣传和政治的作用”，指出红军“必须采取比较集权制”，党的书记多负责任“绝对不是家长制”，事事“要拿到支部中去讨论去解决――这是极端民主化的主张”。并且批评红四军七大侧重于解决内部纠纷是不正确的，“前委同志号召‘大家努力来争论’”和“刘安恭同志企图引起红军党内的派别斗争”是错误的。
几天后，陈毅也到达上海。
8月29日在中共中央政治局会议上，陈毅详细汇报了红四军的情况和党内的争论，说到毛泽东“在政治上比较正确”。政治局决定成立李立三、周恩来、陈毅三人委员会，由周恩来召集，负责起草一封指示信。三人委员会确定，以中央8月21日给红四军前委指示信为基础，由陈毅执笔起草这封指示信。经过三人多次讨论，陈毅对一些重大问题的认识得到很大提高。
他在多年后曾几次对身边工作的人说，到上海党中央两个月，等于上了两个月的训练班。
9月28日，中共中央政治局通过这封信，也就是“九月来信”。
“九月来信”在总结红四军经验的基础上，着重指出“先有农村红军，后有城市政权，这是中国革命的特征，这是中国经济基础的产物”。
这封来信规定红军的基本任务是：“一、发动群众斗争，实行土地革命，建立苏维埃政权；二、实行游击战争，武装农民，并扩大本身组织；三、扩大游击区域及政治影响于全国。”强调“党的一切权力集中于前委指导机关，这是正确的，绝对不能动摇。不能机械地引用‘家长制’这个名词来削弱指导机关的权力，来作极端民主化的掩护”；同时，“前委对日常行政事务不要去管理，应交由行政机关去办”。这些指示，肯定了毛泽东提出的“工农武装割据”和红军建设的基本原则。
“九月来信”要求红四军维护朱德、毛泽东的领导，毛泽东“应仍为前委书记”。中央的“九月来信”，为红四军党内统一认识、纠正各种错误思想提供了根据。
“九月来信”由陈毅带回。陈毅受中央的委托，回红四军做解释和纠正的工作。
11月下旬，毛泽东在他养病的蛟洋收到中央的“九月来信”和陈毅转达中央指示请他回前委主持工作的来信。这时，他的健康正在恢复，便随前来迎接的部队回到长汀。他向朱德、陈毅等表示接受中共中央的“九月来信”，包括对他工作方式的批评。
陈毅介绍了他上海之行的情况，并诚恳地作了自我批评。他也坦率地谈到自己的错误。这时他刚满28岁，正是风华正茂之时。他心情沉重而十分诚恳地对毛泽东说：“我一生犯过两个错误，一次是1928年没有阻止住部队去湘南，二是这次没有支持你的意见。”
陈毅这位胸怀坦荡、光明磊落的好同志，谈到自己的错误，是这样的坦率，迎请毛泽东主持前委的工作，是这样的恳切。毛泽东显然被感动了，表示他在红四军八大时因为身体不好，情绪不佳，写了一些伤感情的话。
这样，相互间的矛盾和隔阂就消除了。
毛泽东的手和朱德的手也重新握在了一起。从井冈山和朱德、陈毅相识，毛泽东还没有这样动情过。
11月28日，毛泽东写信报告中央：“我病已好，十一月二十六日偕福建省委巡视员谢同志从蛟洋到达汀州，与四军会合。遵照中央指示，在前委工作”；“四军党内的团结，在中央正确指导之下，完全不成问题。陈毅同志已到，中央的意思已完全达到。惟党员理论常识太低，须赶急进行教育。”
中共中央收信后，在给广东省委的信中说道：“润之现已复职，中心的政治领导亦已确立，此稍可使中央放心。”
后来，当中共中央特派员涂振农来到红四军时，毛泽东、朱德分别同他谈了这次争论的经过，并作了自我批评。
涂振农在给中央军委的报告中写道：“据我在那里时的观察，确实都从行动上改正过来。朱德同志很坦白地表示，他对中央的指示，无条件的接受。他承认过去的争论，他是错的。毛泽东同志也承认工作方式和态度的不对，并且找出了错误的原因。过去军政关系的不甚好，是做政治的和做军事的人对立了，缺乏积极的政治领导的精神。同时要说到四军党内虽有争论，但都是站在党的立场上，在党的会议上公开讨论，虽有不同的意见，但没有什么派别的组织，只是同志间个人的争论，而不是形成了那一派和这一派的争论。”
在探索中国革命道路和红军建设的过程中，面对着许多新情况和新问题，这种坦诚的党内争论的发生应当说是完全正常的，最后也得到了妥善的解决。
为了进一步统一全军党内的思想，急需召开一次党的代表大会。11月28日，毛泽东在长汀主持召开中共红四军前委扩大会议。
会议决定：一、召开中共红四军第九次代表大会；二、用各种方法建立红四军的政治领导；三、纠正党内各种错误倾向，扫除红军内部一些旧的封建残余制度(废止肉刑、禁止枪毙逃兵等)。随后，他和朱德、陈毅率队伍到达上杭县古田村，为红四军九大的召开做了认真的准备。他在军内外进行了周密的调查，根据中央“九月来信”精神和红四军的实际情况，起草了“纠正党内非无产阶级意识的不正确倾向”、“党的组织”、“党内教育”、“红军宣传工作”等八个决议草案。
12月的闽西，雪花纷飞。毛泽东迎着风雪，奔走于红四军的驻地之间，从一个红军纵队到另一个红军纵队，召开战士座谈会。他还分批会见红军的各级指挥员，虚心倾听他们的意见，诚恳地同他们交谈，启发他们的觉悟。不仅这样，毛泽东还走访了一些村庄，征求农民对红军的意见，听取他们的批评。
1929年12月，毛泽东在福建上杭县古田村主持召开中共红四军第九次代表大会并作报告。会上，他重新当选为红四军前委书记。会议系统地解决了红军如何建设的根本性问题。图为古田会议旧址。1929年12月28日和29日，中共红四军第九次代表大会在上杭古田举行。这是红军发展史上一次十分重要的会议。毛泽东在会上作了政治报告，朱德作了军事报告，陈毅传达了中共中央的指示。
由于事前做了大量思想工作，红四军党的第九次代表大会开得很成功。红军上下，团结一致。古田会议的决议，为党和军队的建设，确立了一条马克思列宁主义的路线。
会议经过热烈的讨论，一致通过毛泽东起草的八个决议，总称《中国共产党红军第四军第九次代表大会决议案》，也就是著名的古田会议决议案。大会选出毛泽东、朱德、陈毅、罗荣桓、林彪、伍中豪、谭震林等十一人为中共红四军前委委员，毛泽东重新当选为前委书记。
《古田会议决议》近3万字，总结了红四军成立以来在部队建设上的基本经验教训，确立了中国人民军队建设的基本原则。它规定了红军的性质、宗旨和任务，确立党对红军实行绝对领导的原则，规定了红军中政治机关和政治工作的地位，因而成为党的建设和人民军队建设史上的一份重要的历史文献。
