1938年11月中共六届六中全会闭幕后不久，周恩来看到毛泽东已获莫斯科的“承认”，随即开始调整与毛的关系，其最重要的步骤就是与昔日关系紧密的王明迅速拉开距离。
1939年6月，周恩来离开重庆返回延安，准备出席预计于7至8月召开的讨论国共关系的中央政治局会议。7月7日，重庆《新华日报》为纪念抗战两周年发表中共领导人撰写的文章，毛泽东、周恩来、张闻天、王稼祥、刘少奇、博古、凯丰、董必武、吴玉章、叶剑英、邓颖超等皆报上有文，唯独缺少王明的文章。《新华日报》不登载王明文章并非是一般的工作疏忽，周恩来此时虽不在重庆，直接领导《新华日报》的是南方局宣传部长凯丰，若无重要领导人的指示或暗示，凯丰是没有理由、也无权力拒绝在《新华日报》上刊登王明文章的。
1939年8月下旬，周恩来为治疗臂疾，启程离开延安，转道兰州、迪化前往苏联，于9月中旬到达莫斯科。在苏联居留的半年时间，除了住院治疗外，周此行的主要使命是向共产国际汇报中国抗战形势及中国党的工作。周恩来起草了长达数万言的《中国问题备忘录》，于1940年1月分发给共产国际各执行委员阅读。1940年2月，共产国际执委会主席团作出关于中共代表报告的决议，肯定中共的政治路线是正确的。季米特洛夫将这份决议当面交给了周恩来。
周恩来对共产国际的汇报并没有直接涉及毛泽东与王明的分歧，但明显突出了毛在中共党内的作用。周了解共产国际领导人对王明的同情态度，避免在正式场合批评王明，却在私下谈话中对王明进行了抨击。季米特洛夫在与周恩来个别交谈时问到王明回国后的表现及与毛泽东的关系，周恩来回答：不够好，甚至有一个时期，王明跑到武汉，企图组织自己的班子。①在这里，周若无其事，将自己与王明在武汉的密切合作全部勾去。当季米特洛夫对中共远离工人阶级、以乡村为中心表示担心时，周的答复则是：中共在农村经过长期斗争的锻炼，有毛泽东领导，完全可以无产阶级化。②周恩来的这番言论十足像一个毛泽东的政策解说员，他以这种态度向共产国际表明他个人支持毛泽东的立场。
周恩来在莫斯科的又一个重要活动是参加共产国际监察委员会对李德的审查。
1939年8月下旬，李德在华居留七年后随周恩来等同机前往苏联。同年12月，共产国际“根据中国党的意见”开始了对李德的审查，参加者有周恩来、毛泽民、刘亚楼以及共产国际监委主席佛罗林。据李德回忆，周恩来在发言中批评了他在1934年对闽变的态度以及“短促突击”的作战策略。但是，在李德与红军的“消极防御”关系问题上，周的态度却“极其谨慎”。李德认为，这是因为此问题牵扯到周在内战时期的军事主张。③
①师哲：《在历史巨人身边――师哲回忆录》，页141。
②参见《周恩来年谱》，页452；周恩来：《关于党的“六大”的研究》，载《周恩来选集》，上卷（北京：人民出版社，1980年），页178-179。
③奥托・布劳恩（李德）：《中国纪事（1932-1939）》，页359－360。
共产国际最后对李德问题作出结论，免予处分，改派与中国无关的工作。1940年后，李德被调往莫斯科外国文学出版社，从事苏联文学和列宁著作的德译工作。以后李德长期在苏联克拉斯诺戈斯克任教，直至1949年才返回苏占区――“德意志民主共和国”。
尽管周恩来已经拉开了与王明的关系，翩然来归，毛泽东却对周很不满意。毛对周的不满既有历史的原因，也有眼下现实的因素。1938年后，毛对周的不满主要集中在周对国民党的温和态度，以及周对项英表现出的宽容。
如前所述，毛泽东与王明在理论上的重大分歧即是如何评价国民党抗战，以及中共在抗战阶段应对国民党持何种方针的问题。中共六届六中全会批准了毛泽东将共产国际加强统一战线的精神与毛自己有关大力发展中共力量相调和的政治路线，但在如何掌握这两者的关系问题上却留下了极具伸缩性的空间。从六届六中全会通过的正式文件中很难真正看清中共对国民党的方针、策略已发生了重大转变，中共对国民党的方针基本取决于中共领袖对瞬息万变的形势随时作出的灵活反应。由于毛泽东在六届六中全会上大大加强了自己的地位，党的最高决策权已集中于毛个人之手，这就造成了极为尴尬的局面：负责具体处理与国民党交涉的周恩来，根据六中全会的精神继续强调中共与国民党的合作；而毛泽东则拥有对六中全会的解释权，在毛的解释下，六中全会的路线应是反击对国民党“妥协”的“右倾投降主义”。
周恩来没有全程出席六届六中全会。1938年9月30日，周在六中全会作完统一战线工作报告后，随即离开延安于10月1日返抵武汉。周对六中全会精神的理解主要依据的是9月中旬至下旬召开的政治局会议所通过的基本方针，这次会议实际上是六中全会的预备会议，其主要内容是讨论毛泽东即将在六中全会上宣读的《论新阶段》政治报告。周恩来就是根据这次会议和《论新阶段》的精神，在六中全会后继续强调拥蒋杭日，加强国共两党合作。
然而，周恩来为贯彻六中全会精神采取的一些措施并不被毛泽东所欣赏，在毛的眼中，周恩来在处理与国民党关系上的不少作法都烙有“右倾投降主义”的印记。在毛的“账簿”上，周恩来为国民党办训练班一事就是周犯下的一个严重“错误”。
1938年11月25至28日，周恩来和叶剑英在蒋介石主持召开的南岳军事会议上，就中共为国民党举办西南游击干部训练班一事同国民党方面达成协议。此项动议出自中共方面，1938年10月22日，周恩来陪同抵达武汉的朱德面见蒋介石时向蒋正式提出此议。蒋介石对此表示同意，要求中共提供教官。于是，周恩来担任了该训练班国际问题讲师，叶剑英任副教育长，中共教官、工作及武装人员共三十多人参加了该训练班的工作。对于此类“为他人作嫁衣裳”的事，毛泽东一向深恶痛绝。尽管周恩来此举最终得到毛的同意，但对毛而言，这不啻是在外力强迫下对既成事实的无奈批准，而依其本性则是极不情愿的。
周恩来的这类“错误”在1938年底达到了高峰。1938年12月12日，周恩来、叶剑英等在给廖承志并报毛泽东、张闻天的电报中，似乎忘记了毛对国民党一向采取分化瓦解的既定方针，而提出中共应以“大党风度”调和国民党各派系的矛盾。①
周恩来的这种“抗战至上”的态度在1939至1940年继续发展。周在就统战问题与毛的往返电报中，也是多强调“击敌和友”。②1940年10月以后，在围绕新四军北移问题突然升温的两党冲突中，周和毛的态度更是存在很大的区别。与精神高度紧张、提出“作与蒋介石决裂的准备”的毛截然相反，周恩来、博古多次建议中央应作必要的妥协，“也让一步”，对国共分裂持相当谨慎的态度。③
①参见《周恩来年谱》，页428。
②参见《周恩来年谱》，页447、465。
③参见《周恩来年谱》，页472－475、479。
在处理与国民党的关系上，毛泽东、周恩来的态度差异并不涉及任何实质性的路线分歧。毛的强硬与周的稳健都是出于维护中共利益的同一目标。事实证明，抗战期间，毛泽东在制定对国民党的方针过程中十分重视并经常采纳周提出的外柔内刚、留有余地的主张，毛和周构成的互补关系有效地维护了中共的利益。尽管周的中和作用对毛的决策极为重要，然而在毛泽东心目中，周恩来作为一个“调和主义者”的角色也就固定化了。
毛泽东对周恩来的另一不满是周对项英的态度。
1937年12月政治局会议决定，新四军受中共中央和长江局的双重领导，在党的关系上，长江局直接领导东南分局。这样，王明、周恩来和项英就有了比较密切的工作联系。毛泽东对项英原本就无好感，除了三十年代初期两人在江西结下的深刻矛盾外，王明返国后项英与王明关系的接近，更加深了毛对项英的不信任。1939年春，项英指令新四军军部秘书、抗战前曾任中共上海剧联书记的扬帆，写出江青在沪演艺界表现情况的书面材料，署名项英，将材料发电给延安，此电报明确提出江青不宜与毛泽东结婚。①项英此举更进一步增添了毛对项英的反感。
1937年后，毛泽东十分担忧项英因领导新四军而加强其在党内的地位，对项英明显表现出冷漠和排斥，对项英提出的一些工作方面的请求也多加以敷衍和事实上的阻拦。1938年春夏之际，项英为新四军组建事多次致电毛泽东，请求调派得力的军政干部前往江南。项英在电报和信中提出，延安集中甚多的干部，“应抽调大批派到南方”。项英还提议中央派刘少奇、陈云到南方工作。在给毛的电报中，项英建议“中央负责同志也应轮流到南方巡视”，强调此举对“加强对于全国领导，实属必要”。项英的上述言论，在极度敏感的毛泽东那里有影射其据守延安、从不前往前线视察的寓意。毛对项英提出的这类要求仅作一般性的敷衍，只派去周子昆、袁国平、李一氓等少数高级军政干部和五六十名团连级干部。毛在复项英的电报中语含轻慢，声称“如你处不要，则交长江局使用。究竟你处是否要这批干部？”对项英毫不掩饰自己的厌烦。②
但是在一段时间内，毛泽东慑于项英在党内、军内所享有的崇高声望，以及项英一身凛然的“共产主义清教徒”的气质（项英是少数反对任何特殊照顾，在生活上坚决与普通战士同甘共苦的中共领袖），对项英也无可奈何，只能在其背后多方加以掣肘。1939年后，随着毛政治地位的巩固，毛频频开始了对项英的指责，并采取一系列步骤削夺项英的权力。
对于毛泽东的狭隘胸襟和毛、项之间的纠葛，周恩来完全清楚，他既附和毛对项英的部份批评，又试图维护项英的威信，在关键时刻助项英一臂之力。
1939年8月，中央政治局在延安连续举行会议，听取周恩来就统战问题和南方党与军队工作情况作的政治报告。项英未出席这次会议，由张鼎丞代表东南局和新四军出席会议。周恩来在谈到新四军问题时高度评价了项英的领导作用。8月25日，会议由周恩来而非毛泽东作结论，周指出项英领导的东南局取得了许多成绩。③
时隔一年，周恩来在1940年6月17日举行的讨论新四军工作的南方局常委会上，再次肯定新四军执行了中央为新四军制定的“向北发展，向东作战和向南巩固”的方针。在这之前，194O年5月4日，毛泽东在给东南局发出的指示中对项英领导的新四军工作未尽展开、实力发展不大提出批评。项英感到委屈，于5月9日、12日致电延安，表示同意中央路线、方针、策略，但希望中央指明他的错误性质和具体内容，并公开宣布撤销他的职务。周在6月17日南方局常委会的发言中虽然对项英提出了委婉的批评，指出新四军没能利用有利时机大胆发展，但仍然强调“一年来东南局的工作在项英的领导下是正确的”。周恩来并面告新四军政治部主任袁国平和东南局副书记饶漱石，中央仍以项英为东南局书记。④
①参见张重天：《共和国第一冤案》（北京：华艺出版社，1989年）页18－20。
②在《毛泽东年谱》中没有记载毛泽东1938年3月18日致项英电，该电报和项英1938年5月13日致中共中央信，载《抗战初期中共中央长江局》，页181、236。
③在中共党史编纂学中，长期宣称这次政治局会议是由毛泽东作会议总结，参见中共中央党史研究室：《中共党史大事年表》（北京：人民出版社，1987年），直到八十年代末、九十年代初《周恩来传（1898―1949）》和《周恩来年谱（1898―1949）》出版，才恢复了历史真相。
④参见《周恩来年谱》，页457－458。
1940年8月4日，周恩来出席在延安召开的中央政治局会议。周一方面批评新四军未积极执行中央向北发展的方针，在与国民党的谈判中也未坚持党的立场，但同时，周再次提出东南局仍以项英为书记。周恩来的这番表态具有重要的意义。
1940年，毛泽东在远离江南的延安，隔着千山万水，凭着电报，对新四军实施具体指导。惯于为自己留退路以显示自己在任何情况下都料事如神的毛泽东，在给项英的电报指示中前后矛盾，变化无端。毛既要项英尽速作好北渡转移的准备，又要项英维持“拖”的局面，来配合延安部署对国民党的谈判斗争。毛忽而判断国民党大军进攻在即，要求皖南部队立即分批移动；忽而又命项英向重庆要开拔费，要饷弹，“再拖一两个月”，①致使项英无所是从，始终难以最后确定新四军北上的时间和路线。而毛泽东只看结果，不管过程，有理三扁担，无理扁担三，在延安对项英吹毛求疵，百般指责。中央政治局的大多数成员也随着毛泽东的调子，对项英多方挑剔。
江南新四军所处的环境与华北八路军完全不同，国民党在江南留有强大的兵力，新四军的活动与发展受到很大的限制，加之项英的领导确有缺失，对国民党顾忌较多，这些都严重削弱了项英在党内的地位。1940年11月中旬，延安决定成立华中新四军、八路军总指挥部，令项英在部队移动安排就绪后返回延安参加“七大”。在项英地位岌岌可危的时刻，只有周恩来能体谅项英进退两难的苦衷，强调项英在东南局和新四军的领导作用，竭力维护项英在新四军中的威信。
周恩来在处理与国民党关系上的稳健态度及对项英的善意和宽容，都被毛看在眼里，毛只是需要选择适当的时机向周恩来表明自己的不满。
1939年1月5日，在没有任何特殊迹象的情况下，毛泽东公然推出一项旨在削弱周恩来权力的行动。是日，毛隐身其后，以延安中央书记处的名义致电在重庆的周恩来，无端改变1939年9月26日中央政治局关于设立南方局的决定，提议将华南及西南各省合并成立的中央局（即南方局）易名为西南局。②此决定如果一经最后确定、必然大大降低南方局作为中共在延安之外领导南中国党最大的派出机关的地位，而将南方局等同于地位较低的北方局（杨尚昆）、中原局（刘少奇）等其它派出机构。周恩来立即对延安的这封电报作出回应，1月7日，周与在重庆的另两位政治局委员博古、凯丰共同联名复电中央书记处，强调新设立的中央局“以南方局名称为好”。只是在周恩来、博古、凯丰的强烈要求下，毛泽东才作出让步，于1月13日复电同意仍沿用南方局的名称。③
对于周恩来直接领导的南方局的工作，毛泽东的态度也是模棱两可的。1939年8月24日，毛在中央政治局会议的发言中一方面称赞南方工作“做得好，各省工作有成绩”，并指出“这是在恩来领导下的成绩”，但是，毛紧接着话锋一转，开始尖锐指责南方“党不巩固”，“群众运动不深入”，“统战没有中层阶级更大的发展”。④
①参见王辅一：《项英传》（北京：中共党史出版社），页435-439。
②《中央书记处会议记录》，载《南方局党史资料――党的建设》（重庆：重庆出版社，1990年），页3。
③《毛泽东年谱》，中卷，页102－103。
④参见《周恩来年谱》，页448。
周恩来对于毛的批评迅速作出反应，在当天周所作的会议结论中，周承认南方局在巩固党、利用合法机会做群众工作等方面不多，周还检讨了在统战中“偏重了联蒋”，“对中产阶级团结不够”。①
和周恩来小心翼翼、努力协调与毛泽东的关系全然不同，毛则不时示周以颜色，让周明确地体会到两人的关系已今非昔比。1940年3月26日，周恩来、任弼时、蔡畅等从莫斯科返抵延安，尽管在抵达延安的前一天，周恩来在甘泉就和毛通了电话，但是当周抵达时毛却仍在睡觉，“只有李富春前来迎接，而且主要还是接他的夫人蔡畅”。②两年后，毛却亲自迎接从莫斯科返延的地位远低于周恩来的林彪。这一回毛不睡觉了，他挽着林彪的手步入杨家岭他居住的窑洞。③毛对周、林的亲疏之别一目了然。
尽管毛有意怠慢周恩来，周却处处关心、体贴毛。1940年2月下旬，周恩来一行自莫斯科启程返国时，共产国际为周等准备了两大箱西式食品和烟酒以备旅途食用。周却提议旅途中改用中餐，将这两箱洋式点心万里迢迢带回延安。返回延安后，周又亲自检查食品箱，命令将其送给毛泽东夫妇享用。④毛固然对周之细心周到心领神会，但对周的态度始终未越过公事公办的界限，这就使周永远感到头顶上有一个紧箍咒存在，至死不敢稍有懈怠。
①参见《周恩来年谱》，页448。
②师哲：《在历史巨人身边――师哲回忆录》，页331-332。
③师哲：《在历史巨人身边――师哲回忆录》，页154。
④师哲：《在历史巨人身边――师哲回忆录》，页154。
1938年后，毛泽东准确地利用了周恩来的性格特点，对待周，有扬有抑，有紧有松，成功地瓦解了周恩来与王明的联盟，并重新理顺了毛、周关系。对于毛而言，周恩来是须臾不可缺少的股肱，周的崇高声望、非凡才干和对中共事业的献身精神，使周成为任何人都难以取代的人物。更重要的是，毛了解周没有争当中共领袖的权欲，对毛毫无威胁。周既非王明集团成员，又与苏联和共产国际关系深厚，是可以代表毛与斯大林打交道的最合适人选，这一切都可使毛继续重用周。
但是，毛绝非是一个能轻易忘记过去的人，周在1931至1935、1937至1938年两次与王明联手孤立毛的往事，使毛刻骨铭心，难以忘怀。周恩来身上散发着的那种儒雅、高贵的气质，也与毛一身的“山大王”气质格格不入。因此，毛时不时就要借机敲打一下周恩来，并执意提拔刘少奇作中共第二号人物，将刘作为制衡周恩来的工具，以防周恩来在党内形势发生突变的关头再一次弃毛而去。
为了打下中共的江山，毛泽东必须借重周恩来的才干和忠诚；周恩来也在与毛的长期共事中，发现毛具有自己所缺乏的可作“人主”的霸气，断定凭藉这股霸气，毛能够一统江山。因此，周以其独有的机敏和灵活，很快适应了与毛的合作关系。在这种关系中，毛居于主导地位，周则安于作一个辅佐性的角色。由于毛、周都重视对方对自己的价值，各守分际，因而两人的合作虽时兴波澜但仍弥久而不坠。
只是三十年代末至四十年代初，毛、周合作的关系还刚刚建立，毛对周还有太多的怨气没能尽兴宣泄，故而毛有意让周体会上下不落地的虚空，使周恩来在很长时间内搞不明白自己在中共核心层中究竟处于何种地位。这种由毛一手制造的对周恩来的慢性精神虐待长达七年，直到1945年中共七大召开才告一段落，使周恩来进退失据，有苦难言，为自己昔日的“过失”付出了沉重的代价。
