中苏第一回合谈判确定签订一个新条约以代替1945年的条约，问题在原则上似乎得到了解决。然而，斯大林此时的让步不过是做了一篇表面文章，关键的问题在于签订一个什么样的新条约。在这个实质问题上，莫斯科精心设计了一系列条约草案，其目的是全面维护苏联在1945年条约中的既得利益。此前，斯大林坚持的原则是条约的形式不能改变，即必须保留旧的中苏条约，而对其实际内容可以进行修改。但在确定了废除1945年条约的原则以后，苏方最初提出的新条约的各种草案却完全沿袭了旧条约的内容。由此看来，斯大林所谓重新签订中苏条约将引起破坏雅尔塔体系的连锁反应的说法不过是一个借口，至多也只是表面层次的理由，其真实意图还在于维持苏联在远东的既得利益和既定目标。
毛泽东此时对条约和有关协定的具体内容似乎还没有认真考虑，他在1月6日与维辛斯基和1月9日与科瓦廖夫的谈话中只是强调“签订一个新的中苏友好同盟条约对双方都是有利的”，同时表示在具体签约时会考虑苏联与雅尔塔协议的关系；中国政府“将依据包括蒋介石与资本主义国家签订的条约在内的一切现存条约为起点，重新进行谈判”。而作为中方谈判主角的周恩来则正在准备赶赴莫斯科的行装。
然而，苏联方面对条约及有关协定草案的准备工作已经紧锣密鼓地开始了。1950年1月5日，苏联外交部起草了名为《苏中友好合作互助条约》的第一稿草案，除了在政治上保持友好同盟关系的条文外，该草案第七条明确指出：“缔约国双方承认，1945年8月14日签订的中长铁路、大连和旅顺口协定继续有效。”显然，苏方最初的设想是在签订一个新条约的同时继续保留1945年的三个协定。
1月9日，苏联外交部条法司司长格利巴诺夫、远东司副司长费德林、驻华大使罗申等人联名呈报了他们起草的条约草案第二稿。其中第六条将“加强两国之间的友好合作”改成比较具体的内容：“巩固和发展两国之间的经济文化联系”，第七条则改为：“缔约国双方声明，根据苏中友好合作互助条约规定，完全保留1945年8月14日签订的中苏大连港协定和1945年8月14日签订的旅顺口协定及其附件，并使其成为本条约不可分割的一部分。”这里，苏联外交部进一步明确和强调了1945年关于大连和旅顺协定的有效性，至于中长铁路问题则转由苏联交通部去专门处理。
基于斯大林以前曾答应中国在对日和约签订后苏联军队撤出旅顺海军基地，维辛斯基对草案的第二稿提出了修改意见。根据这一指示，格利巴诺夫等人于1月10日又提交了条约草案的第三稿，其中第六条增加了“彼此给予一切可能的经济援助”一句，第七条增加了以前斯大林提出过的说法，改为：“缔约国双方同意，目前在旅顺口和大连港的苏联军队自本条约生效之日起2-3年内撤出，1945年8月14日签订的旅顺口和大连港协定在规定期满后应重新修订。”
但这里有一个明显的漏洞：既然已确定苏军提前撤出，为什么该协定还要等到期满即20多年后再重新修订？于是，为了解决这一矛盾，外交部再次修改了草案，在第四稿中把第七条中重新修订旅顺口和大连港协定的日期提前到“签订对日和约以后”，而在第五稿中则把苏军“撤出”改为“缩减或撤出”。
1月16日，维辛斯基将外交部最后确定的文本(第六稿)呈报给苏联部长会议第一副主席莫洛托夫，其中第七条的写法是：“缔约国双方同意，目前在旅顺口和大连港的苏联军队自本条约生效之日起2-3年的期限内全部撤回苏联境内，撤军将于1950年开始。缔约国双方还同意，中苏之间1945年8月14日签订的旅顺口和大连港协定以及大连港协定议定书在签订对日和约后重新审议。”
这一草案中还有一个值得注意的变化，即该文本将条约的名称由《友好合作互助条约》改为《友好同盟互助条约》，此后新的中苏条约便沿用了这个名称。鉴于前文提到的毛泽东在12月16日和1月6日的会谈中都曾使用了“友好同盟条约”的说法，显然，维辛斯基在最后确定条约名称时注意到了中方的这一说法。
为了在新条约中保留旧条约的部分内容，苏联需要从国际惯例和国际条约的有关理论中找到法律根据。苏联外交部条约法专家杜尔金涅夫斯基进行了这方面的工作，他在1月13日致维辛斯基的备忘录中指出，在“关于1928年2月20日条约的哈瓦那公约”和其他国际条约理论中，都没有谈到在旧条约失效的情况下其内容被新条约所吸收的问题，但是在实践中不乏在旧条约没有被明确废除和取消的情况下其内容与新条约并行有效的例子。杜尔金涅夫斯基列举了道威斯和杨格计划，关于同贩卖妇女、儿童作斗争的公约，1890年和1906年中英西藏协定，以及苏联先后与法国和南斯拉夫签订的友好互助条约等一系列实例，并提出了这样的建议：“在同一问题上‘吸收’了以前条约相似内容的条约可以被认为具有并行效力。在这种情况下，不能认为以前的条约就一定失效了。但由于可能出现各种解释，所以，对保留与新条约不矛盾的一部分旧条约作补充说明是适宜的，这样的补充说明可以写在新条约的文本或签字议定书以及专门的照会中。”外交部此举的意图主要是针对中长铁路和大连问题的。鉴于在当时的国际环境下中国已经表示不会在近期收回旅顺港军事基地，因而苏联在远东的战略利益就主要体现在对中长铁路及其终点大连港的控制权上，所以，莫斯科极为重视有关中长铁路及大连港的协定，其方针就是将这一问题与条约本身(含旅顺问题)区别开而单独提出。
苏联外交部首先确定了处理中长铁路协定的原则。根据法律专家的建议，维辛斯基在1月16日向莫洛托夫提交了《确认中国长春铁路协定有效的议定书》和相同内容的《声明》草案，其中专门提出“完全根据1945年8月14日在莫斯科签订的中国长春铁路协定中指明的期限确定该议定书的有效期”，同时建议在中苏条约签字时以《补充条款》的方式声明“本条约的缔结不承担苏中双方在以前条约中各自的债务”。
接着，苏联交通部便提出了关于中长铁路及大连港协定的具体修改建议和草案文本。交通部长贝舍夫在1月19日给莫洛托夫的报告中说明了他们如下的修改建议：
关于中长铁路协定：
一、重新规定中国长春铁路的资产组成。1945年的协定没有把位于南线(哈尔滨-大连)上的工厂及其附属的由日本人建造和改建的企业列入铁路的资产组成，而新修订的条款应规定将上述这类企业，即确保铁路正常营运所必须的企业，列为苏联和中国共同拥有，而不论它们建立的时间。
二、规定由中苏双方人员轮流担任铁路局的理事长、监事长、局长和总稽核等职务及其副职，每三年轮换一次。而以前这些职务是固定由中苏双方人员分别担任的。
三、新增加的条款是，对中国长春铁路及其所属企业和机关所需的进口货物免征海关税、各种特别税及其他货运税。
四、将旧协定中国长春铁路应与中国的国营铁路一样向中国政府“缴纳税捐”一句改为“缴纳同样数额的税捐”。
关于大连港协定：
一、尽管大连港未被列入中长铁路的组成部分，但在原协定的第三条中已指明港口主任由中长铁路局局长从苏联人员中委派。
二、为了共同经营大连港和大连的工厂，建议组建一个中苏合营的远东海运公司，并将该公司苏联方面的领导权委托给苏联海军部。
贝舍夫在报告的结尾还特别说明，把在1945年以前属南满铁路管辖的地段列为中长铁路资产组成是出于经济利益上的考虑，因为这段铁路“每年都能产生很大利润，1943年其利润是1.63亿卢布”，“从1946年开始，在确保中国长春铁路正常营运时，它每年都可以得到上述数额的利润”。而目前“满洲地区工业的恢复和经济的发展，以及满洲与中国其他地区经济联系的扩大，正在引起货运量和旅客运输量的增长，特别是在南线即哈尔滨-大连的铁路线上”。这就是说，保证对中长铁路的控制，对于苏联不仅有战略利益，而且还有直接的经济利益。
1月21日，葛罗米柯、贝舍夫、科瓦廖夫、罗申等六人向莫洛托夫、米高扬和维辛斯基呈上了委托他们起草的苏联部长会议关于中国长春铁路决议的草案和中长铁路两个议定书的草案。其要点是：
一、确定将外交部起草的重申1945年协定有效期的中长铁路协定的议定书草案作为苏中谈判的基础。
二、关于从1950年2月开始恢复对中长铁路实行共同经营和共同管理的事宜，必须与中国政府达成协议。
三、确认根据交通部的建议起草的关于中长铁路补充议定书所述各项条款，并且必须就有关条款的修改与中国政府达成协议。
四、在确定中长铁路的全部资产前，在与中国政府谈判时，应提出将铁路的固定资产列为苏联和中国共同所有的建议。为确定转为苏中共有的资产，批准成立苏中联合委员会的苏联代表团。
五、委托外交部维辛斯基和交通部贝舍夫就上述两个议定书草案与中国政府进行谈判。
1月22日，莫洛托夫、米高扬、维辛斯基将各专门委员会起草的12个草案呈报斯大林，其中包括苏中友好同盟互助条约、苏中关于旅顺口和大连港协定的议定书、苏中关于中长铁路协定的议定书、苏中关于苏联向中国提供贷款的协定、关于成立苏中航运股份公司的议定书、关于在新疆成立苏中有色金属和稀有金属股份公司的议定书、关于在新疆成立苏中石油股份公司的议定书、关于苏中易货和支付的议定书、关于苏联与新疆贸易的议定书、关于苏联专家的费用支付条件的协议、苏联部长会议关于苏联机构和苏中合营股份公司共同管理的满洲和辽东半岛地区内不动产的决议、苏联部长会议关于派遣苏联专家和教师组到中国工作的决议。联共(布)中央立即批准了这些草案。
苏方最后确定的中苏条约及关于中长铁路、旅顺口和大连的议定书草案与外交部和交通部呈报的草案没有原则上的变化，只是将条约第七条的内容单独列出，形成了《苏中关于旅顺口和大连港协定的议定书》。但这里有一个特别应当引起注意的问题：上述提交斯大林的12个草案几乎包括了中苏谈判可能涉及的所有问题，却惟独没有旅顺口、大连港协定和中长铁路协定本身。原因何在？显然，根据苏方的设想和愿望，这两个协定根本没有必要重新起草，因为原中长铁路协定继续有效，原旅顺口协定和大连港协定要等到与日本签订和平条约后再重新审议，而苏联提出的有关修改部分已经体现在两个协定的议定书草案中了。况且，莫斯科也不愿为中方代表提供讨论这三个协定具体内容的机会。
至此，苏联方面已经为中苏第二回合谈判准备好了所有的文件草案，其主要内容可以归纳为：关于《中苏友好同盟互助条约》，除了在原则上确定了中苏联盟的关系外，没有涉及双边实际利益的内容；关于中长铁路问题，与1945年的协定相比，不仅保留了原来的30年有效期，而且其修改部分除领导职务采取轮换制以外，其他如资产确定、免征海关税和货运税、缴纳铁路营业税等规定都是更有利于保障苏联利益的；关于旅顺口和大连问题，除规定苏联驻军应从1950年开始撤退，并在条约生效后2-3年内撤退完毕外，其余一切照旧，要等到对日和约签订后再行审议。
这是中苏条约正式谈判开始之前苏联方面的全部设想和期望，接下来就要看刚刚到达莫斯科的周恩来拿出的是什么方案了。
