我国有多少个少林寺？据北京出版的《少林寺资料集》统计，共十个，其中真的七个：登封 、太原、蓟州、长安、和林、洛阳、泉州各一；假的三个，分别在福州、山东和台湾；当然最为著名且“功夫冠天下”的，还是位于河南登封嵩山且有康熙皇帝御笔书匾的少林寺。
南少林有三处遗址:
（一）泉州南少林寺
据历史记载，中国的少林寺，差不多有10处之多。最有名的当属河南登封少林寺，建寺最早、影响最大。其次是福建省晋江市东门外的泉州东禅少林寺。在中国武术发展中的贡献，也以这二者为最，传奇故事颇多。
福建泉州东禅少林寺，相传为唐初嵩山少林寺武僧智空入闽所建，址在清源山之东岳山麓，一向为我国南禅及南少林武术之中心，声名远播。自唐宋元明清以来，历经三废三兴。据清代《西山杂志》记载，唐天佑元年（公元907年），“少林寺反王审知附梁，被毁”，北宋太平兴国六年（公元981年）诏修；南宋景炎元年，“清源少林寺千僧蒲寿庚之降元”，千僧抗元，少林寺再次被毁，明洪武十年，州官黄立中“疏奏朝廷，敕修少林寺”，直至清乾隆二十八年，泉州少林寺第三次被毁，火烧少林寺之后，少林寺和尚至善法师避祸民间，继续招收少林弟子，反清复明。部分武僧逃入德化避难，其藏身地一直是个谜。近来有人证实，泉州市德化县福建省著名的戴云山脉是当年南少林武僧的落脚点。在乾隆年间，一代武林宗师洪熙官进了泉州少林寺，拜至善禅师为师，继续发展南少林拳。后来他在广东佛山习武、开馆授徒，培养出了南少林拳王黄飞鸿，后又由黄飞鸿弟子传至香港，并远播东南亚及美国等地。
现位于东岳山脚下的泉州市少林寺，挖出了大量唐宋时期南少林寺的建筑构件之后，位于南安石井镇埭头村的颜岗寺又发现了一处“南少林五祖”之一的墓塔，为“南少林发源地在泉州”的说法再添一重要左证。正在施工的泉州南少林寺二期工程在复建天王殿工地上，已陆续出土一批唐宋时期古石础、石柱、石塔刹、药碾槽、宋瓷花瓶等珍贵文物。此间考古人士称，这是南少林考古的又一新发现，进一步印证了泉州南少林遗址历史。但所有这些的证据还是难以服众，最重要的一点是无直接记载“少林寺”的字样，但它对我国的宗教与佛教的发展起了不可磨灭的贡献。
（二）莆田南少林寺
1986年，莆田市在西天尾镇北部层峦叠嶂中的九莲山麓发现一处古建筑遗址，以及五口建造于北宋年间的大型花岗岩石槽残碑、石柱等，学者们从石槽长226厘米、宽100厘米，槽旁刻有“诸罗汉浴煎茶散” 字样，判断这是僧兵治疗伤病用的石槽，又从残碑、石柱上的“林泉院”、“寺山界”字样，最引人注目的是那口重达数千斤的宋代石槽，槽上刻有“当院僧兵永其佳其合共造石槽一口”，推测此遗址可能是南少林寺遗址。
九莲山南少林寺海拔500多米，地形酷似河南的山间盆地，居九华山脉中段，地势十分险要，是理想的兵家用武之地。山间盆地小平原，耕植可以自给，大本营离各个隘口不过数里之遥；且坡度平缓，如有军情，到隘口凭险据守不过片刻功夫。从地理形势上看，林山实在是个易守难攻的藏龙卧虎之地。寺区周围有朱山、樟江、寨头等10多个山寨。目前各寨遗址均存。山头尾和梧桐山还有高三、四十米颇为壮观的山涧瀑布。少林寺遗址正处在九莲山盆地的中心，寺院的基地有两面三刀万多平方米，十方丛林的气度可想而知。清初，南少林寺因在反清复明斗争中与天地会有着千丝万缕的联系，清王朝深为忌恨，遣兵焚毁，莆田南少林寺从此湮没于历史烟尘之中。
1992年4月25日，莆田市在北京人民大会堂举行新闻发布会，正式向外界宣布发现南少林寺遗址，中国佛教会理事、嵩山少林寺第29代方丈德禅大师出席新闻发布会，他根据先辈叮嘱，暂定了林泉院即南少林寺，并赠送了“南少林就在福建莆田九莲山下”的亲笔题词。现在，莆田南少林寺已初具规模，大雄宝殿、天王殿、钟鼓楼、山门以及赵扑初题额的 “南少林”牌坊等，巍峨壮观，金碧辉煌。周围的古竹寺、霞梧院、九莲岩等大小寺院环绕着南少林寺，形成气势昂扬的寺院群落，重现了当年十方丛林的恢宏气度。唯一的遗憾是所有记载只是“林泉院”的痕迹，并无记载“少林寺”的字样，还是不能服众。
（三）福清少林寺
福清少林寺历史悠久，源远流长，始建于唐代，毁于战乱。近年经考古工作者调查、考证和考古挖掘，在1993年6且4日，在福清市东张镇少林自然村，找到了少林寺遗址。又经福建省、福州市联合考古队对遗址进行考古发掘，出土大量珍贵文物，诸如遗址中发现“少林院”、“少林”等石刻铭文，以及石桥、石盂、石槽、石碾 (药臼)、石碑、石础、石春臼、石磨、石香炉、瓷器、钱币、铜镜，还有和尚墓塔等上千件文物，不胜枚举使少林寺遗址得到科学的验证。这一争论多年的历史悬案，终于有了圆满的答案。福清发现的少林寺遗址，史册记载之多，遗址规模之宏伟，遗迹结构之完整，遗物分布之广泛丰富，以及所显示的文化内涵与河南嵩山少林寺之相似，在福建都是仅见的。特别是经过省、市考古队对遗址进行考古发掘，无论在史证和物证两方面，与史籍记载相符的福建少林寺(史称南少林寺)。
这个重大成果已得到各界专家肯定。特别是嵩山少林寺三十三代法师、中国国际友好联络会理事、嵩山少林寺武术学校校长释永寿听说后，特地率团到福清考察少林寺遗址，经过七天的考察研究，他向外界郑重宣布，福清南少林寺的寺址无可置疑是名副其实的少林寺遗址。因此，我们有理由认为，中国南北两个少林寺是历史的事实，我们也有理由认为南少林寺在福清。
一九九四年十一月，福建省宗教局和福州市政府先后批准福清市在遗址上重建南少林寺，福清市各界人士及海外华侨共集资5000万元人民币用于重建南少林寺。
