尽管中国在九十年代末提出了“科教兴国”、“建设世界一流大学”的口号，但是目前看来，中国距离这些目标越来越远，因为在现行的专权体制和扭曲的市场机制下，大学没有自由的精神，学者没有独立的思想，反而沉沦堕落，丧失基本的学术道德和伦理，抄袭造假成风。
2005年8月至10月，丘成桐曾因为在中国媒体上点名批评北京大学学风日下、虚假引进人才，以及点名批评北大数学系教授田刚而引发了一场声势颇为浩大的“丘田之争”。丘成桐批评北京大学向国家要巨资聘请海外人才，而引进回来的教授却极少能完成工作时量，极少给学生上课，也没有显着的学术贡献，是一种严重的资源浪费。丘批评田刚同时在多所国内外大学兼职，未达合约工作量，却拿数百万年薪，并指责田刚有学术剽窃的嫌疑。
随着与丘成桐的交锋升级，作为中国大学象徵和旗帜的北京大学的每一个举措和发言，都受到媒体和公众的瞩目。北大数学院教授丁伟岳、项武义等公开答辩，回应丘的批评，同时指责丘是出于“名利争斗”与曾经的学生田刚为难，指责丘破坏了北京大学的声誉。双方来来回回激辩一年多，但北京大学始终回避丘成桐说的“引进教授拿钱但是不做事”，以及北大学术垄断、“学霸”的指责。网络上的民意也一边倒地支持丘成桐，相信丘成桐的网友超过85%，而支持北京大学的却还不到5%。
年年以最高的高考录取分数招取中国最好的学生的北京大学，拥有几乎最强的师资、最优厚学术资源以及“第一学府”的美誉，也令自己成了人们关注的“出头鸟”。2002年北大教授王铭铭抄袭事件，2003年北京大学人事制度改革，都引发了全国学术制度的一系列批判讨论。此次丘成桐直接激烈的点名批评，在媒体公开后，反响可想而知。而与网上的民意不同的是，亚洲周刊访问了中国大陆几所重点大学的教授，以及来自北京大学的在读研究人员，得到的回应颇有些不以为然。上海交通大学一位博士生导师说：“中国学术环境怎么样，学术腐败也好，作假也好，功利也好，这些大家都心知肚明，这是体制问题，不是哪一个大学单独的问题。”
北京大学电子系研究生刘琨告诉亚洲周刊，北大校内学生对这件事情感觉“很冤”：“北大一定会有问题，但每个大学都有问题，这是中国的大环境。把大环境的问题让北大一个去承担，很冤。”刚从北大国际关系专业毕业的施雨岑说：“说学术腐败，我告诉你，如果北大黑，黑得像煤的话，那其他大学一定连炭都不如!”
丘成桐教授不断地用激烈言辞评论学术界，与其说他针对某个大学，不如说他所想警醒的根本，是深入到全中国每个科研院所、每个大学的学术腐败。而中国的学术腐败，如同任何一种腐败形式一样，其根源，离不开两个字：权，钱。丘成桐更直言不讳：“在中国，他们搞的根本不是学术，而是权术!”
所有被访的教授都毫不讳言地承认，中国学术界存在一个权力系统。这个系统包括两层权力，一层是行政权力，第二层是由此产生的人际影响力。前者的主体是院士。“院士”在中国学术界，是个皇帝般的字眼。作为法定的“最高学术权威”，他们掌握着绝大多数学术资源的分配，包括科研经费、研究基金的发放、学术奖项的评审等等。中国传媒大学一位教授说：“院士的荣誉是终身的，而且没有监督，任人唯亲是一定的。谁与院士关系好，谁的项目就能批下来而获得经费。这也是为什么北京的高校总是比地方院校拥有多得多的科研经费。”
这位教授所说到的，就是院士的行政权力进而带来的人际影响力，这层无形的权力通过各个校长、院长、所长、会长扩散，逐渐形成一个完整的权力系统。由于政治中心、学术中心的特殊地位，北京也成为这个权力系统的中心。上海交大一位博士生导师向亚洲周刊讲述了与北京高校争夺经费和项目的不易，“做学术也要讲人情，实力不是唯一的标准。如果实力差不多，那就看个人关系了。北京的资源多，提拔亲信也就多。每年教育部拨款的科研经费，北大清华一定是拿了大头，其他学校加起来也就只能吃点剩饭。缺少经费，科研项目就少，科研能力就弱，下一年争取经费就更难。这是恶性循环啊，想要跳出来，捷径就是人际关系”。
这个庞大而直接的权力系统，具备产生腐败最根本的条件：缺乏监督。院士是终身荣誉，并没有监督委员会这样的机构去验证院士们的决定。那么，既然做学术离不开资源，取得资源离不开权力系统的点头，正如丘成桐所言，学术，往往就简化，或者复杂化成了权术。
中国的学术生态正陷入恶性循环之中。着名教育家、前武汉大学校长刘道玉认为：现在培养的十多万基本上不合格和学风不佳的博士，将会充实到大学和科学研究机构，由这些不合格的博士再培养出更多不合格的博士。所以，我预计二十年以后，我国的教育和科学水平还要下降，与世界先进水平的距离还要拉大！
