遵义会议于１月１７日结束时，博古仍为中共中央总负责。２月５日，中央红军到达川、滇、黔边界的云南省威信县水田寨乡的“鸡鸣三省”村，中央政治局常委进行分工，决定由张闻天接替博古的中共领袖地位，成了中共中央总负责。从军事指挥权方面来说，遵义会议决定取消由李德、博古和周恩来组成的“三人团”，仍由最高军事首长朱德、周恩来为军事指挥者，周恩来是“党内委托对于指挥军事上下最后决心的负责者”。而毛泽东“为恩来同志的军事指挥上的帮助者”。
遵义会议结束后，中央红军于１月１９日按照北渡长江的计划，向川南开进。３月４日，根据红军长征作战需要，经张闻天、周恩来提议，中革军委决定设立“前敌司令部”统一指挥红军，任命朱德为司令员，毛泽东为政治委员。第二天，朱德、毛泽东联合发布作战命令。这是毛泽东自１９３２年１０月在宁都会议上被取消军事指挥权以来第一次署名发布作战命令，表明毛泽东从此重掌军权。３月１２日，中共中央在贵州苟坝召开会议，决定由毛泽东、周恩来、王稼祥三人组成军事指挥小组，即新的“三人团”，以毛泽东为首。从此，毛泽东成为“下最后决心的负责者”。然而从另一方面来说，由于在军事上出现一些困难甚至失利，部队的一些指挥员对他的军事指挥持怀疑态度，因而影响了毛泽东领导权的稳固建立。
５月上旬，中央红军渡过金沙江，“四渡赤水以后到会理期间，在中央红军领导层中，泛起一股小小的风潮”，“忽然流传说毛泽东同志指挥也不行了。要求撤换领导。林彪就是起来带头倡议的一个”。针对这种情况，中共中央于５月１２日在川西会理召开了政治局扩大会议，即会理会议。在这次会议上，毛泽东发言指出：党内对失去中央苏区而缺乏胜利信心和存在怀疑不满情绪，是右倾思想的反映；改变中央军事领导的意见，是违背遵义会议精神的。这说明，毛泽东对全党、全军的领导地位，直到会理会议，也还不是那么稳固的。
以后，毛泽东率领中央红军强渡大渡河，飞夺泸定桥，在懋功地区实现了同四方面军的胜利会师，并且领导党和红军战胜张国焘反党分裂活动，其威望与日俱增，但毛泽东在全党的领导地位仍遭受过波折。正如毛泽东所说：“抗战初期，十二月会议就是一次波折。”所谓“十二月会议”，是指１９３７年１２月９日至１４日的中央政治局会议。当时王明、康生等人，打着共产国际的旗号，反对和否认中央的正确路线和政策，反对统一战线中的独立自主原则，提出“一切经过统一战线”、“一切服从统一战线”的右倾投降主义主张。他们的错误主张曾迷惑了一些同志，给党的事业造成危害。１９３８年２月，在中央政治局会议上，王明作主要发言，进一步发展了他的右倾投降主义错误主张，因此，毛泽东思想仍没有成为党的主导思想。
以后，国民党蒋介石开始消极抗日，并且极力限制我党我军发展；中共领导的敌后游击战争越来越显示出其巨大威力，毛泽东在这期间的光辉理论从思想上武装了全党；共产国际也明确认识到只有坚持毛泽东在全党的领导地位，中国革命才能不断发展壮大。基于这样的情况，中共中央于１９３８年９月２９日至１１月６日，在延安召开了扩大的六届六中全会，通过了《中共中央扩大的六中全会政治决议案》，全面肯定了毛泽东的政治、军事路线，肯定了毛泽东的思想理论，同时首次肯定了毛泽东在中共中央的领袖地位。
上述情况充分说明，毛泽东在全党全军的领导地位，有一个逐步巩固、确立的过程，直到中共中央六届六中全会，才真正正式确立毛泽东的领袖地位。而遵义会议，可以说是开始了以毛泽东为代表的党中央的正确领导。
