东北局提议，趁苏军突然撤退，国民党不敢冒进，迅速控制长春路沿线城市，以阻止国民党军北进，并将后者吸引在长春路沿线。但是，在重庆负责谈判的周恩来认为：目前局势是美苏趋向于解决问题，故东北问题也应争取得到解决。他建议，继续承认政府军有权进驻长春路及苏军撤退区，但同时要求对方承认我在东北之地位，并不得随便增兵。这时仍在负责中央工作的刘少奇，也倾向于争取东北和平前途，故明确指示东北局：苏军退出沈阳后，我军不要去进攻沈阳城。不仅沈阳城不必去占，即沈阳至哈尔滨沿途地区苏军撤退时我们都不要去占领，让国军去接收。只是，不能一般性地承认国军有权进驻全部长春路及苏撤区，因苏军已经交我接收的安东、通化、延吉、海龙、合江、佳木斯、黑龙江、兆南、通辽、辽源等地，我不能让。
东北问题至此又面临一次重大抉择。苏方得知中共意见后，首先就持反对态度。苏军代表声称，目前不是主动让步的时候。他们一再询问：你们为什么对美国如此客气？为什么会容许国民党派五个军到东北来？他们强调：凡苏军撤退之地，包括沈阳、四平，中共均可“放手大打”，也希望放手大打，而长春以北，如哈尔滨等地，则应坚决控制，不让国民党进兵。甚至抚顺、营口等地也应力争双方都不驻兵。
毛泽东毫无疑问是倾向于东北局的意见的。注意到局势的复杂，他不顾医生劝告，停止了休养，又开始参加到中央关于东北问题的决策中来了。
3月15日，毛泽东亲自致电周恩来：哈尔滨决不能让国民党驻兵，抚顺及营口要力争双方不驻兵。不要答应国民党其他条件，苏军态度极强硬，将有重大发展。
16日，毛泽东在转发东北局给中央的电报时，再度提醒周在东北问题上要强硬，称停战协定并未规定让国民党接收长春路全部及苏军全部撤退区，具体问题必须协商解决，让他们去与我东北前方将领商谈。
17日，毛泽东批转周恩来发来的东北停战协定草案时批示：请东北局速与苏军接洽，“将整个中东路（包括哈市）让我驻兵，永远占住，不让国民党进驻一兵一卒”。他并且明确要求东北局根据苏方建议，立即进驻沈阳以北长春路沿线所有苏军撤退区。
21日，鉴于蒋介石坚持不同意在条约中限制国民党接收范围，毛泽东明令周恩来：“我们不签含有重大危险之协定”，“宁可战而失地，不可在谈判中失地”。
至此，和平解决东北问题已全无可能。毛泽东明确主张：立即动手大破北宁路及沈阳附近之长春路，立刻动员全军趁敌立足未稳之时“坚决彻底歼灭国民党进攻军队，愈多愈好，不惜重大伤亡（例如一万至二万人）”。毛泽东此时决心之大，可以想见。
3月22日晚，苏联大使奉命通知国民政府，苏军将于4月底前全部撤退完毕。与此同时，苏军以瘟疫、交通不便等各种借口推延国民党军队沿长春路北进，以配合中共破坏北宁路及沈阳附近的长春路，便利中共军队迅速接防苏军撤退的各个城市及战略要点。毛泽东为此要求东北局：“全力控制长哈两市及中东全线，不惜任何牺牲，反对蒋军进占长哈及中东路，而以南满西满为辅助发展方向。”毛泽东甚至考虑：“力争我党占领长春，以长春为我们的首都”；在取得苏军同意后，东北局亦应准备迁往长春。
3月27日，在马歇尔的催促下，国共之间达成了一项关于派遣停战小组到东北调停的训令。但它对国共两党实际上都没有约束性，形同一纸空文。
