经过延安整风，毛泽东的领袖地位确立下来，毛泽东思想也逐渐为全党所接受，中国共产党有了自己的领袖和革命理论。还在整风运动期间，1943年3月16日，一次重要而意义深远的会议在延安举行。这是一次决定中央领导机关的设置和工作职责的中央政治局会议。会议规定，在两次中央全会之间，中央政治局担负着领导全党的责任，有权决定一切重大问题。凡属重大的政治、思想、军事、政策和组织问题，必须在政治局会议上讨论通过。中央书记处是根据政治局所决定的方针处理日常工作的办事机关，它在组织上服从政治局，但在政治局方针下有权处理和决定一切日常性质的问题。并规定：“书记处会议所讨论的问题，主席有最后决定权。”会议推选毛泽东为中央政治局主席、中央书记处主席，决定中央书记处由毛泽东、刘少奇、任弼时组成。会议通过了《关于中央机构调整及精简的决定》。根据决定，中央设立中央政治局和书记处领导下的宣传委员会和组织委员会。毛泽东任宣传委员会书记，并兼任中央党校校长。这次会议从组织上确定了毛泽东在中央政治局、书记处的领导地位。早在第二次国内战争时期，毛泽东在党内和军内职务的变迁，如同晴雨表，反映出毛泽东地位的升降。直到遵义会议，毛泽东被推举为中共中央政治局常委，开始进入中央领导集体。中国共产党从成立时，就明确规定中国共产党以马克思列宁主义作为指导思想。然而在如何运用马克思列宁主义这个问题上却没有少走弯路。在第二次国内革命战争时期，党内“左”倾机会主义者把马克思主义教条化、公式化，使中国革命遭受严重挫折。毛泽东虽然提出过“反对本本主义”的原则，并在实践中创造性地运用马克思主义，开创了具有中国特色的农村包围城市，最后夺取城市的革命道路。然而，他本人被指责为“山沟里的马列主义”，他的创造性理论并没有力全党所接受和理解。
要不要把马克思列宁主义同中国革命实践相结合以及如何把两者结合，这是毛泽东长期思考的问题之一。1938年10月，在中国共产党六届六中全会上，毛泽东就提出了“马克思主义的中国化”问题。他指出：“马克思、恩格斯、列宁、斯大林的理论，是‘放之四海而皆准’的理论。不应当把他们的理论当作教条看待，而应看作行动的指南。”他强调：“对于中国共产党来说，就是要学习把马克思列宁主义的理论应用于中国的具体的环境。……离开中国特点来谈马克思主义，只是抽象的空洞的马克思主义。因此，使马克思主义在中国具体化，使之在其每一个表现中带着必须有的中国的特性，即是说，按照中国的特点去应用它，成为全党亟待了解并亟待解决的问题。”1939年10月，毛泽东在《（共产党人）发刊词》中第一次完整地提出了“马克思列宁主义的理论和中国革命的实践相结合”这个思想原则。遵循着这一原则，毛泽东在抗日战争时期运用马克思主义立场、观点、方法总结中国革命，特别抗日战争以来的经验教训、撰写了一大批理论著作，从政治、军事、经济、思想文化、哲学等有面，对中国革命经验作出了系统的理论概括和总结，形成了关于中国革命的完整的理论体系，并为“毛泽东思想”概念的提出准备了条件。在这种情况下，党的一些理论工作者和党的许多重要领导人感觉到，需要对中国共产党的这个革命理论给以适当的命名和正确的评价。1941年 3月，理论工作者张如心在《共产党人》杂志上发表的《论布尔什维克的教育家》一文中，使用了“毛泽东同志的思想”这一提法，并指出毛泽东的言论著作“是马列主义理论与中国革命实践结合典型的结晶体。”他说：“我们党，特别是毛泽东同志，根据于中国党长期斗争丰富的经验，根据他对中国社会特质及中国革命规律性深邃的认识，在中国革命诸问题的理论和策略上，都有了许多不容否认与不容忽视的马克思主义的贡献。”
毛泽东杰出的领导才干和理论建树，赢得了全党广泛的赞誉。1942年7月，张闻天深有体会他说，中国革命过去的历史证明，有了毛泽东的领导，革命力量就会逐渐壮大，就会逐渐走向胜利，就可以转危为安；如果没有毛泽东的领导，即不听毛泽东的意见，或反对毛泽东的领导，革命就会遭到挫折，就会转胜为败，就会从胜利走向困难。
朱德是毛泽东的者战友。早在井冈山时期，他们一起战斗，一起探索，他们的名字被紧紧联系在一起。在实践中，朱德更体会到毛泽东的作用。1942年7月1日，他在《解放日报》上发表了《纪念党的二十一周年》的文章，提出我们党已经创造了指导中国革命的中国化的马列主义理论。他说：“今天我们党已经积累下了丰富的斗争经验，正确地掌握了马列主义理论，并且在中国革命的实践中创造了指导中国革命的中国化的马列主义的理论。”又说：“我们党已经有了自己的最英明的领袖，毛泽东同志。他真正精通了马列主义的理论，并且善于把这种理论用来指导中国革命步步走向胜利。”
第一次提出毛泽东思想概念的是王稼祥。1943年7月5日，他在为纪念党的22周年诞辰而作的《中国共产党与中国民族解放的道路》一文中指出：“中国民族解放整个过程中――过去现在与未来一一的正确道路就是毛泽东同志的思想，就是毛泽东同志在其著作中与实践中所指出的道路。毛泽东思想就是中国的马克思列宁主义，中国的布尔什维克主义，中国的共产主义。”“毛泽东思想与中国共产党的民族解放的正确道路是在与国外国内敌人的斗争中，同时又与共产党内部错误思想的斗争中生长、发展与成熟起来的。”“以毛泽东思想为代表的中国共产主义，是以马克思列宁主义的理论为基础，研究了中国的现实，积蓄了中共二十二年的实际经验，经过党内党外曲折斗争而形成起来的。……它是创造的马克思列宁主义，它是马克思列宁主义在中国的发展，它是中国的共产主义，中国布尔什维主义。”⑩至此，毛泽东思想作为一个概念首次提出。
1943年7月16日，周恩来由重庆回到延安。8月2日，中央办公厅组织隆重的欢迎会，毛泽东参加了会议。周恩来发表演讲，提出了毛泽东的方向就是中国共产党的方向这一断语。他说：“我们党二十二年的历史证明：毛泽东同志的意见，是贯穿着整个党的历史时期，发展成为一条马列主义中国化，也就是中国共产主义的路线！”“毛泽东同志的方向，就是中国共产党的方向！”“毛泽东同志的路线，就是中国的布尔什维克的路线！”
毛泽东思想这个概念由王稼祥初次提出后，逐步为党内许多同志所接受。在党的一些文件和许多负责同志的讲话里，使用和论述毛泽东思想等概念的情况，逐渐多起来了。但是，毛泽东本人对此有他自己的看法。1943年正值毛泽东50岁生日。
延安的一些同志想为他祝寿，并同时提出宣传他的思想。当时的中共中央宣传部副部长凯丰把这个意见报告给毛泽东，毛泽东在复凯丰的信中明确表示：“生日决定不做。做生日的太多了，会生出不良影响。目前是内外困难的时候，时机也不好。”在信中，毛泽东诚恳他说：“我的思想（马列）自觉没有成熟，还是学习时候，不是鼓吹时候；要鼓吹只宜以某些片断去鼓吹（例如整风文件中的几件），不宜当作体系去鼓吹，因我的体系还没有成熟。”
1943年12月虽未给毛泽东庆祝50大寿，但“毛泽东思想”这个提法却普遍得到公认。毛泽东本人虽然对这些提法默认了，但对于把他的话与马克思、恩格斯、列宁、斯大林并列，还是执意不允。
1944年春天，延安的文艺研究工作者编辑了一本《马克思主义与文艺》，内容选辑了马克思、恩格斯、普列汉诺夫、列宁、斯大林、高尔基、鲁迅和毛泽东关于文艺的一些论述。其中收入了毛泽东《在延安文艺座谈会上的讲话》。当时的延安大学校长、延安鲁迅艺术文学院院长周扬为该书写了一篇编者序言，送请毛泽东审阅。毛泽东看后，于1944年4月2日写信给周扬，认为周扬的序言“写得很好”，而且称赞周扬“把文艺理论上几个主要问题作了一个简明的历史叙述，借以证实我们今天的方针是正确的，这一点很有益处，对我也是上了一课。”但是对把他的讲话同马列并列提出不同的意见。他在信中写道：“把我那篇讲话配在马、恩、列、斯……之林觉得不称，我的话是不能这样配的。”
毛泽东接受毛泽东思想这个概念，但从一开始就坚持毛泽东思想“不是我一个人的思想，是千百万先烈用鲜血写出来的，是党和人民的集体智慧。”毛泽东的这个观点也逐渐被全党所接受。1944年5月，在中共中央晋察冀中央局领导下，邓拓主持编辑出版5个分册的《毛泽东选集》。这是中国革命出版史上第一部《毛泽东选集》。这部选集卷首的“编者的话”指出：“在长期曲折复杂的斗争中”，“我们才找到了自己的领袖毛泽东同志”，“他真正掌握了科学的马列主义的原理原则，使之与中国革命实践密切结合，使马列主义中国化。”同时又指出，《毛泽东选集》是“毛泽东同志和团结在毛泽东同志周围的同志”共同努力的结果。
经过整风运动以后，全党更加深刻的认识到毛泽东在党内的地位和作用，认识到毛泽东作为中国革命的旗帜具有无可比拟的号召力和凝聚力。而对毛泽东思想的认识也趋于一致，全党已不再把它作为单纯每一个人的思想，而是作为党的指导思想这样的科学体系。1945年3月15日，邓小平在一次关于形势问题的报告中提出，每个党员要“更加学习马列主义与毛泽东思想”，第一次把马列主义与毛泽东思想并列起来。3月31日，刘少奇在六届七中全会讨论“七大”时说：“总纲是党的基本纲领，作为党章的前提、出发点与组成部分，可以更加促进党内的一致，以毛泽东思想贯穿党章，这是一个前所未有的历史特点。”
1945年6月中共七大通过的党章正式规定：“中国共产党，以马克思列宁主义的理论与中国革命的实践之统一的思想――毛泽东思想，作为自己一切工作的指针。”刘少奇在“七大”作关于修改党章的报告，对毛泽东思想作了科学的概括和全面的论述。他说：“毛泽东思想，就是马克思列宁主义的理论与中国革命的实践之统一的思想，就是中国的共产主义，中国的马克思主义。”“毛泽东思想，就是马克思主义在目前时代的殖民地、半殖民地、半封建国家民族民主革命中的继续发展，就是马克思主义民族化的优秀典型。……它是中国的东西，又是完全马，克思主义的东西。”毛泽东思想“是我们党的唯一正确的指导思想，唯一正确的总路线。”毛泽东思想“是中国人民完整的革命建国理论”，“这些理论，表现在毛泽东同志的各种著作以及党的许多文献上。这就是毛泽东同志关于现代世界情况及中国国情的分析，关于新民主主义的理论和政策，关于解放农民的理论与政策，关于革命统一战线的理论与政策，关于革命战争的理论与政策，关于革命根据地的理论与政策，关于建设新民主主义共和国的理论与政策，关于建设党的理论与政策，关于文化的理论与政策等。”刘少奇强调指出：“毛泽东思想，就是这次被修改了的党章及其总纲的基础。学习毛泽东思想，宣传毛泽东思想，遵循毛泽东思想的指示去进行工作，乃是每一个党员的职责。”以毛泽东的名字来命名中国化了的马克思主义，并将其规定为全党的指导思想。对此，毛泽东非常清醒。他写信给郭沫若说：“我虽然兢兢业业，生怕出岔子，但说不定岔子从什么地方跑来”，要郭沫若“看到了什么错误缺点，希望随时示知”。1944年年底，毛泽东在同英国新闻纪事报记者G・斯但因谈话时说：“我也是一个小学生，一个群众的小学生，如果我们要取得战争的胜利与和平的话，则群众的观念和经验，必须成为我们政策的基础，因为老百姓可以教导我们很多东西。我们的任务便是倾听他们的意见，学习他们的经验，洞悉他们的愿望和批评，把他们所要的东西的总体规定下来，并把它作为政策交给他们。”1942年2月，张如心在一篇文章中使用了“毛泽东主义”的提法，1944年7月1日，萧三发表在《解放日报》的《毛泽东同志的初期革命活动》一文中，提出应用“毛泽东主义”来概括毛泽东关于中国革命的思想、思想方法、战略策略以及工作作风这整个体系。对此，毛泽东在当时虽未提出反对意见，但他内心是没有接受的。1948年8月13日，华北大学校长吴玉章在给周恩来的电报中表示：想在华北大学成立典礼上提出“主要的要学毛泽东主义”，“把毛泽东思想想改成毛泽东主义”。电报最后说道：“这样说是否妥当，请同主席和少奇同志商量后，赐以指示。”接到吴玉章的电报后，毛泽东立即于8月15日给吴玉章写了一封亲笔信，信中说：“未元电悉。那样说是很不适当的。现在没有什么毛泽东主义，因此不能说毛泽东主义。不是什么‘主要的要学毛泽东主义’，而是必须号召学生们学习马恩列斯的理论和中国革命的经验。……另外，有些同志在刊物上将我的名字和马恩列斯并列，说成什么‘马恩列斯毛’，也是错误的。你的说法和这后一种说法都是不合实际的，是无益有害的，必须坚决反对这样说”。毛泽东并不反对别人学习他的著作。他把自己的著作始终看作是中国革命经验的范畴。在给吴玉章的信中，他解释说：“这里所说的‘中国革命经验’是包括中国共产党人（毛泽东也在内）根据马恩列斯理论所写的某些小册子及党中央各项规定路线和政策的文件在内。”毛泽东坚持不提毛泽东主义，坚持不把自己同马、恩、列、斯并列，说明他这时是谦虚、谨慎的，在一片颂扬声中，他始终保持冷静的头脑，科学的唯实精神。更可贵的是，人民拥护他，热爱他，他也热爱人民，同人民保持着密切联系。工作之余，他在延河边散步，碰到老乡，他总是主动打招呼。他关注着人民的翻身解放，也关注着人民的衣食住行，还关注人民的生养死葬。延安附近的侯家沟有两个小村庄的妇女很少生孩子，毛泽东知道后，把延安市委书记张汉武找去。张汉武还以为毛泽东要同他谈有关战争或大生产运动的大事或急事，疾步来到毛泽东的住所，见面就问毛泽东有什么任务。毛泽东让他坐下，请他喝茶、吸烟，然后问他知不知道侯家沟有两个小村庄的妇女为什么不生孩子。张汉武回答说，知道这个情况，但是不知道是什么原因。毛泽东又问，是不是水有问题？请中央医院去把水化验一下好不好？张汉武说，好是好，只怕这种小事医院不干。毛泽东严肃他说，对于共产党人来说，人民的疾苦决不是小事，应当让医院派人去。谈话后不久，中央医院根据毛泽东的指示派人到那两个小村庄化验水，发现水中含有大量有害物质。医院指导群众对饮用水进行了处理，并帮助群众治病。后来，那两个村庄终于传出了婴儿的哭声。
小事见真情。延安人民从心里感激毛泽东，于是，他们给毛泽东送来金匾。金匾上写着：“民族救星”。
