徐懋庸是从1938年到延安以后开始同毛泽东交往的，在此之前，他在上海曾任“左联”常委秘书长，并负责同鲁迅的联系，1936年，“左联”解散之后，发生了“国防文学”和“民族革命战争的大众文学”“两个口号”的论争。在这场论争中，徐懋庸同鲁迅的意见相左。在8月1日给鲁迅的一封信中，凭着鲁迅对他的爱护和信任，徐懋庸急不择言地陈述了自己对某些事和某些人的看法，包括一些不够正确的看法，冒犯了鲁迅；加上鲁迅对他那封信的由来有所误会，于是鲁迅发表了《答徐懋庸并关于抗日民族统一战线问题》的长文，严厉地批评了徐懋庸。这之后徐懋庸的心情很苦闷，在上海的处境也很困难。为了弄清“两个口号”论争的是非，1937年初，徐懋庸下决心到延安向党中央请示、汇报。他靠译书筹了安家费和路费，于年底出发，1938年3月辗转来到延安。
3月下旬的一个晚上，毛泽东、张闻天等代表党中央和边区政府举行一次宴会，欢迎包括萧军。丁玲、徐懋庸等七、八个新到延安的文化人。这是徐懋庸第一次见到毛泽东，只觉得他态度平易近人。这一次毛泽东没有当众演说，欢迎词是由张国煮作的。然后让被邀请人发言，大家谦让，推来推去，要徐懋庸先讲，徐懋庸就讲了几句，主要是讲到延安以后的感觉，特别强调延安的人与人的关系与上海不同，批评与自我批评的方法使得是非容易分清，并能增强团结，不像上海那样，很多嘁嘁喳喳，是非难分，不易团结。也联系了上海“两个口号”之争的问题，说他虽然觉得有错误，但是非的界限还是很糊涂的，所以要在延安很好学习，接着是丁玲报告战地服务团工作的经过。然后是萧军发言，主要意思是不向意延安的文艺为政治服务的方针，说是把文艺的水平降低了。最后康生作了长篇讲话，阐述党的文艺政策，中间针对萧军的发言，不指名地批评了一通，萧军竟听不下去，中途退席。
过了不久，当时《新中华报》的负责人向仲华，约徐懋庸给报纸写文章。当时徐懋庸正在读列宁的《共产主义运动中的“左派”幼稚病》一书，受了点启发，于是撰写了《民间艺术形式的采用》文章，刊于1938年4月12日《新中华报》副刊《边区文化》第4期上。大意是，以抗日为内容的文艺作品要使群众能接受，形式是可以不拘一格的，有些旧形式为群众所习惯的，也可以采用。过了两三天，徐懋庸去参加陕北公学举行的开学典礼，晚饭时恰好坐在毛泽东的旁边，毛泽东对徐懋庸说，“我看到你在《新中华报》上发表的文章了，写得不错嘛，这样的文章望你多写写。”得到毛泽东的赞许和鼓励，徐懋庸心中十分高兴。
5月下旬，徐懋庸写信给毛泽东，请求接见，谈谈上海的问题。信里简单地讲了“两个口号”论争的过程，希望得到毛泽东的指示。第二天就得到答复，说愿意同他一谈，但目前较忙，待过几天相约，末尾说，不要急，问题总可以弄清楚，前途是光明的。又过了一天，毛泽东的两个秘书和培元与华民来找徐懋庸，一般地了解了一下“左联”的情况，5月23日，下午3点钟左右，华民来把徐懋庸带到延安北门内凤凰山麓毛泽东住的窑洞里谈话。毛泽东刚刚午睡起来，窑洞里还是比较凉的，他披了一件旧棉袄，让徐懋庸隔着办公桌，和他对面而坐。毛泽东客气地让徐懋庸吸烟，徐懋庸说不会吸，毛泽东笑笑说：“搞文艺的人不吸烟的可不多嘛。”然后又说：“现在就谈谈吧。”徐懋庸简单讲了自己的履历，然后把“左联”的情况，“左联”解散的过程，“两个口号”的论争，徐给鲁迅先生的信及鲁迅先生答徐的长文，还有事后上海的舆论等详细地谈了一下，井表示了来延安要弄清是非的决心。因为毛泽东平易近人，十分认真地听徐懋庸的讲话，所以徐懋庸讲起来畅所欲言，一点也不拘谨。毛泽东听完之后，做了几点指示：一、关于“两个口号”的争论的问题，周扬他们来延安以后，我们已基本上有所了解。今天听了你们所谈的，有些情况使我们更清楚一些，具体一些。二、我认为，首先应当肯定，这次争论的性质，是革命阵营内部的争论，不是革命与反革命之间的争论，你们这边不是反革命，鲁迅那边也不是的。三、这个争论，是在路线政策转变关头发生的。从内战到抗日民族统一战线，是一个重大的转变。在这样的转变过程中，由于革命阵营内部理论水平、政策水平的不平衡，认识有分歧，就要发生争论，这是不可避免的。其实，何尝只有你们在争论呢？我们在延安，也争论得激烈。不过你们是动笔的，一争争到报纸上去，就弄得通国皆知。我们是躲在山沟里面争论，所以外面不知道罢了。四、这个争论不但是不可避免的，也是有益的。争来争去，真理越争越明，人家认识一致了，事情就好办了。五、但是你们是有错误的，就是对鲁迅不尊重。鲁迅是中国无产阶级革命文艺运动的旗手、你们应该尊重他。但是你们不尊重他，你的那封信，写得很不好。当然，如你所说，在某些具体问题上，鲁迅可能有误会，有些话也说得不一定恰当。但是，你今天也说，那是因为他当时的处境不自由，不能广泛联系群众的缘故。既然如此，你们为什么不对他谅解呢。六、错了不要紧，只要知道错了，以后努力学习改正，照正确的道路办事，前途是光明的。徐懋庸在听这些指示的时候，越听越入神，觉得每一句话都解开心里的一个疙瘩，听完之后，如混饨开窍，如重感冒发了汗，头脑清醒，身体轻松了。同时非常兴奋。毛泽东讲完之后问徐懋庸：“怎么样？你对我的话有什么意见？”徐懋庸激动得几乎流下眼泪，说不出话来，只是说：“今天我听到了许多前所未闻的道理，非常激动，等回去好好想一想。”
接着，毛泽东又关切地问到：“你的工作分配了没有？”徐懋庸说：“还没有，在‘文艺界抗敌协会’只是暂住。”毛泽东说。“那末，你到鲁迅艺术学院去工作好么？我们正在叫周扬筹办这个学院。”徐懋庸说：“我不想去。”毛泽东说：“你不是搞文艺的么，为什么不想到那里去？”徐懋庸讲了两个理由：“第一，刚才听了你的话，使我知道自己对马克思主义一点也不懂，过去自以为懂一点儿，不对了，因此我要去学习，到陕北公学。这是主要的，其次，根据上海的一段经验，我觉得搞文艺的人很多脾气很怪，鲁迅也认为是这样，我不愿意再同搞文艺的人在一起。”毛泽东笑了笑说：“你想学习马克思主义，这很好嘛！那么你到‘抗大’去教哲学好不好？现在抗大的学生很多，搞哲学的只有艾思奇、任白戈、何思敬等几个人，顾不过来，你去也好。”徐懋庸说：“我是要到陕北重新学习嘛，怎么能去做教师？”毛泽东说：“像你这样，一面教一面学习就可以了，何必进陕公学习。就这样好么？”徐懋庸便同意了。毛泽东立即打电话给“抗大”的副校长罗瑞卿，通知了这件事。
最后，毛泽东还问徐懋庸是不是党员，徐懋庸说：“不是的。我在大革命时期就追求党，但‘四・一二’政变后，失去机会。后来加入‘左联’，也就是为了想入党。我曾听说，上海‘左翼’组织的干部，本来是可以转党的，但是自从我写信给鲁迅遭到鲁迅公开驳斥以后，我知道的上海的党员也疏远我了，我觉得没有希望了。但是我是决心要跟着党走的，像鲁迅那样，虽不是党员，却是一个非党的布尔什维克，我要学习他。”毛泽东说：“既要革命。有条件还是入党的好，你也不是没有入党的可能的。这个问题，你可以在‘抗大’的工作中去解决。你还可以找中央组织部陈云同志去谈一谈。但入党要有了解你的党员作介绍人，你有这样的熟人吗？”徐懋庸说：“我只知道周扬是党员。”毛泽东说：“艾思奇你也是熟悉的嘛，他也是党员，可以去找他。”到这里，谈话就结束了，徐懋庸起身告辞。
徐懋庸被分配在“抗大”三大队一队工作。关于入党的问题，徐懋庸向陈云和丰富春同志谈过。陈云、李富春表示可以考虑。李富春说，入党问题，除得自己提出外，他还将通知“抗大”政治部考虑。徐懋庸给艾思奇和周扬写信，请他们作介绍人，艾思奇很快回信同意了，周扬则久无回信。徐懋庸也不再去催问。恰好有一天遇到钟敬之，谈起此事，他说张庚原是党员，钟本人已由他介绍入党。徐懋庸于是请张庚做他的另一介绍人，张庚同意了。8月，徐懋庸在“抗大”编译科被批准加入中国共产党。
8月1日，“抗大”纪念建军节，会后聚餐，徐懋庸和毛泽东以及中央军委参谋长滕代远同席。席间谈话之际，毛泽东问徐懋庸：“你结婚了没有？”徐懋庸说：“已经结婚，还有了儿女呢。”毛泽东问：“你爱人现在哪里？”徐懋庸说：“在浙江黄岩。”毛泽东笑着说：“哦，牛郎织女嘛！那末最好把他们接到延安来。”徐懋庸说太不容易了。于是毛泽东就对膝参谋长说：“这件事，你想想办法吧。”滕参谋长对徐懋庸说：“可以办到，你自己开个地址，并给你爱人写封信，我们通过八路军和新四军的办事处去接。”过了两天，徐懋庸还没有把信写好，滕参谋长就派通讯员到徐懋庸那里去要了。在毛泽东的亲自关怀下，徐懋庸的妻子刘蕴文由内侄陪同，带着两个儿子于1933年10月到了延安。
这年9月，毛泽东约了十来个人，在他的窑洞里开哲学座谈会，每周一次。参加的人有许光达、陈伯钧、郭化若、肖劲光、肖克、何思敬、艾思奇、任白戈、徐懋庸等。那时专门请何思敬讲克劳塞维茨的《战争论》内容。何思敬因为懂德文，照着本子随译随讲，实在讲得不大高明。然而毛泽东却听得很认真，还拿一支红铅笔，在一个本子上下时地记录，徐懋庸对这种态度和精神觉得非常惊奇，原来不管何思敬讲得怎么糟，他是能从何思敬传达的原著的话里，吸收到别人所不能理解的意义。在这个座谈会上，毛泽东有时也随便讲一些话。l960年，毛泽东的诗词公开发人以后，徐懋庸曾写一首《临江仙》:
踏破岷山千载雪。红旗飞越冰峰。大同境界蕴胸中，诗情和战略，马背正交融。
记得延安窑洞里。谈笑满座生风。漫夸韩范是英雄。纵能寒敌胆，曾不识工农。
这末尾的三句，就是毛泽东一次讲话的意思。当时延安城还没有被敌机炸毁，大街的牌楼上，还挂着写有“韩（琦）范（仲淹）“旧治”四个大字的匾额。
解成以后，徐懋庸出于对党的事业的忠诚，埋头翻译、研究和杂文写作。但1958年反右扩大化，徐懋庸被打成右派，在十年浩劫中，徐懋庸又受到了残酷打击和迫害，在这种情况下，徐懋庸仍然相信党中央、相信毛泽东。他在后来写的回忆录中，还追念毛泽东延安时期对他的关怀：“38年，毛主席不但对于上海问题给我做了恰当的结论，而且亲自分配我到‘抗大’工作，还帮助我解决入党问题，使我后来在前方的战争环境中，在军队的党组织中受到锻炼，得到不少其他文化人难得到的机会，这也是对我的很好培养。”1976年底，徐懋庸在身体十分虚弱的情况下，依然应北京鲁迅博物馆之约，为鲁迅给徐懋庸的全部书信做注释工作。直到1977年2月7日长辞于世。1979年4月12日，中国社会科学院在八宝山革命公墓礼堂，为徐懋庸举行了追悼会。悼词说：“他艰苦奋斗，忘我工作”、“襟怀坦白，敢于讲出自己的观点，”“是我们党的好党员，好干部。”
