中共军队在毛泽东发动的整风运动中处在一个十分微妙的地位：一方面，军队是毛依靠的最重要的力量；另一方面，军队的某些主要干部又是运动的整肃对象。军队所处的尴尬境地，使军队领导人左右为难，进退失据，在经历一番痛苦的抉择后，才重新调整并适应了与毛的关系。
从二十年代后期中共有了自己的军队开始，在一个相当长的时期内，中共军队内部一直存在两种力量的微妙平衡。第一种力量姑且名之为“红色军事专家派”，这一派的首领是周恩来。属于周恩来系统的军事干部由三方面人员组成：一、二十年代末至三十年代初从苏联军事院校学成返国，经由当时担任中共中央军事部长的周恩来分配至中央苏区和其它苏区的干部；二、出身黄埔军校，参加南昌暴动被打散后，再由周恩来分配至中央苏区和其它苏区的干部；三、1931年底周恩来进入中央苏区后，与周恩来密切配合或在周领导下的军事干部。
中共军队内部的第二种力量可以称之为“井冈山派”，这一派的首领是毛泽东。属于毛泽东系统的军事干部则由四部份人员组成：一、跟随毛泽东上井冈山的参加秋收暴动的农军和武汉国民政府警卫团的余部；二、1928至1931年聚集在毛周围的赣南、闽西地方红军；三、1928年4月随朱德、陈毅上井冈山的参加南昌暴动的余部；四、1928年7月平江暴动后上井冈山的彭德怀部。
由周恩来和毛泽东分别代表的中共军队中的这两股力量各有其特点。
“红色军事专家派”的内部关系较为松散，派系色彩比较淡化，周恩来的个人感召力和周在中共党内的革命历史是维系这一派军事干部的主要动力。由于“红色军事专家派”的许多干部曾在苏联学习过，他们一般对苏联和共产国际有较深的感情。
“井冈山派”的内部关系则比较复杂，毛泽东固然是这一派当之无愧的领袖，但是由于毛的专断性格与朱德、陈毅多有冲突，在一个时期内，毛的权威受到朱、陈的抑制。1929年后，毛利用各种手段强化了自己在“井冈山派”中的领袖地位，并在自己身边聚集了一批军事干部，但却遗留下大量的个人恩怨。到了周恩来抵达中央苏区后，一批对毛不满的军事干部重又聚拢在周恩来的周围，使得毛一时形单影只，处境颇为窘迫。
中共军队内的两股力量在周恩来抵达瑞金后，经过周的精心调和，在艰苦的战争环境下逐步融为一体。周恩来、朱德、刘伯承等不放过任何机会，努力争取改善与毛的关系，至于一般高中级军事干部更不存在藩篱之隔。周恩来极为注意利用党的权威加强军队内部的团结，在周的领导下，军队一直保持高度的统一。遵义会议后，毛泽东从现实需要出发，也深感运用党的权威对维系军队团结的极端重要性，因此军队内部的这种团结局面在遵义会议后仍然维持。1935 至1936年，毛与张闻天、周恩来、博古等密切合作，运用中共中央的权威处理并最终解决了张国焘的分裂问题。1937年春，随着西路军的最终失败，中共军队的统一基本完成。
具有讽刺意味的是，在中共军队完成统一时，作为党中央军委主席的毛泽东，其个人对军队的控制却相对减弱了。1937年秋以后的一段时期内，毛泽东对八路军的指挥一度失灵，毛对新四军更是鞭长莫及。由项英指挥的新四军，对王明、周恩来领导的长江局言听计从，而与毛则貌合神离，这一切都引致毛对军队领导人的强烈不满。
毛泽东对军队领导人的不满并非仅限于他们在抗战后的表现，这种不满还和历史上的矛盾复杂地交织在一起。毛是一个自尊心极强、报复心也极强的人，只是因为眼前的现实需要，他才容忍下他们昔日对自己的冒犯。在中共军队内真正获毛信任的干部屈指可数。
毛泽东最宠信的军队将领首推林彪。自1929年林彪在朱、毛纷争中当面指责朱德、积极拥戴毛泽东以后，林彪就获得了毛的特殊信任。毛之对于林彪犹如父亲，对其过失从未真正计较。遵义会议后，林彪认为毛率红军四渡赤水，使红军过于疲劳，写信给中央要求以彭德怀取代毛作军队指挥。毛不责怪林彪，却将怒火发向与此毫无关联的彭德怀。毛看重林彪英勇善战，战功卓著，对林彪的倚重和爱护超过任何军事将领。1938年6月，林彪遵毛的指示赴苏联治疗，直至1942年2月8日才返回延安。当林彪返回延安时，毛亲自迎接，使在场的许多人惊愕不已，因为1940年周恩来和朱德从外地返回延安时毛泽东都不曾亲自迎接。1942年2月17日，中共中央在延安为林彪举行盛大欢迎大会，与会者达千余人。林彪在致词中援引季米特洛夫的话说：“季米特洛夫说：苏联的党，由于团结在斯大林同志的周围，而有今天伟大的联共党；中国的党，应该团结在毛泽东同志的周围，以便建设起伟大的中国党，建设起伟大的新民主主义的新中国。”在这次欢迎大会上，林彪还表态坚决支持整风运动，号召全党应效忠毛泽东。他说：“我们在政治思想上，应如毛泽东同志最近所号召的，反对主观主义和宗派主义。要来一个坚决彻底的转变，建设无产阶级立场的唯物主义方法的党……我们忠实于我们的民族。忠实于我们的党，忠实于我们的领袖。”①林彪以青年将领的身份受如此超规格的隆重欢迎，且搬出共产国际领导人来鼓吹毛泽东，这只能说明毛、林关系之密切和林彪已获毛的“路线交底”。1942年底至1943年7月，毛泽东命林彪代表自己与蒋介石在西安、重庆数度会面，随后又让林彪在延安静养，以备将来与蒋介石逐鹿中原、再分天下时领兵出山。
①《解放日报》，1942年2月18日。
毛泽东对彭德怀则爱恨交加。彭是为中共夺取政权出力最多的将领之一，但为人耿直，不善逢迎。毛爱其骁勇善战，对中共事业忠心耿耿，但又恨其“不听话”，自尊意识、独立意识强烈，而常视其为头有反骨的魏延。1937年后，毛让彭出任八路军副总指挥，但彭却在1937年12月至1938年3月间为八路军出兵山西及华北事，多次打电报向王明领导的长江局请示汇报工作。在毛看来，彭德怀此举无疑是另寻党内靠山，而与自己分庭抗礼。其实，毛对彭德怀的意见多属误解。1937年底，八路军出兵山西，涉及与阎锡山和国民党的各种关系，彭德怀向当时党内实际主管统战和国共关系事宜的长江局请示应对方针，完全是在工作范围之内的正常关系。但是毛却认定彭对自己的权威并未真正心悦诚服，执意要让彭德怀在整风运动中洗一个烫水澡。
作为“红军之父”的朱德，在中共军内的地位十分尴尬。在毛泽东的眼中，声望卓著的朱德实际上是无足轻重的。自从1929年朱德就军内民主化问题与毛发生争论并遭失败后，朱德就被笼罩在毛泽东的声光之下，在制定重大政策方面很少发挥影响。朱德性格敦厚，为人随和，虽然对毛大权独揽、独断专行不乏意见，但为了维护“朱、毛”团结一致的形象和中共的最高利益，对毛一向忍让，从不与毛公开对立。朱德和周恩来、彭德怀也维持着良好的工作和个人关系，即使对王明、博古等新一代党的领导人也多持善意的态度。王明返国以后，朱德对加强中央的集体领导抱有希望。但是很快就传来了季米特洛夫支持毛为中共领袖的“口信”。朱德对毛表示支持，同时也委婉地向毛进言，希望毛能够察纳雅言。1938年9月26日，朱德在为听取王稼祥传达季米特洛夫口信而举行的政治局会议上发言，他说：“党内同志要实行正确的自我批评，党员要维护对党的领袖的信仰。因此领导同志要有接受批评的精神。领袖要听人家说自己的好话，同时还要听说自己不好的话。”①朱德的这番话，实际上将他对毛泽东的微妙态度曲折地表达出来。1940年5月，朱德从太行山八路军总部返回延安，其个人对前方八路军的影响已完全被切断。尽管朱德对毛已无任何妨碍，但毛仍对朱德怀有某种戒心。作为中共的一种象征，朱德虽继续享有八路军总司令的崇高荣誉，但中共所有军政大权均在毛的掌握中。
①参见《朱德年谱》，页198。
毛泽东对于刘伯承、聂荣臻、朱瑞的态度是有亲有疏，区别对待的。刘伯承、聂荣臻、朱瑞都是具有留洋经历、且与周恩来有较密切历史关系的高级军事干部，属于以周恩来为代表的“红色军事专家派”。他们自三十年代初陆续进入中央苏区后，在周恩来的领导下担负着保卫中央苏区的沉重任务，对当时党的路线方针不起重大作用。刘伯承、聂荣臻等在瑞金时期与毛泽东的关系虽不密切，但也无任何个人冲突。遵义会议后，刘伯承在对待毛的态度上既高度尊重，又不失个人尊严。抗战开始后，刘伯承、聂荣臻、朱瑞等分别被赋予开辟几个战略区的重任，都取得了重大进展。在上述三人中，毛对聂荣臻较为亲近，而对刘伯承、朱瑞则相对疏远。聂荣臻在抗战开始后比较努力执行毛的指示，在召兵买马、开疆辟土中成绩显著，因而获得毛的赞赏。毛对刘伯承的情绪更多由历史因素造成。刘伯承在瑞金时期积极仿效苏联红军正规化的经验，又长期担任红军总参谋长，在宁都会议上，刘伯承曾赞成苏区中央局的意见，兼之刘伯承严谨的红色军人的气质，都在在使毛对刘伯承产生一种疏离感。朱瑞是中共六届五中全会选出的中央候补委员，作为瑞金时期一名出色的“红色指挥员”，在抗战之初的用人之际被毛泽东委之为中共山东分局书记，但毛又对这位毕业于莫斯科克拉辛炮兵学院的留苏生放不下心，不久即派自己的老部下罗荣桓出师山东。山东中共武装力量长期未能实现统一指挥，开疆拓土不尽顺利，个中原因十分复杂，但毛却认定山东局面未尽理想的责任全在朱瑞这个“教条主义者”的身上。
毛泽东对于早年出身绿林豪杰、与自己毫无渊源的贺龙倒是颇为欣赏和信任的。在毛的眼中，贺龙是属于不喜读书的莽张飞一类人物，加之贺龙在毛与张国焘的对立中坚定地站在毛的一边，对毛的新权威表示充份的尊重，因此，贺龙不是毛在整风运动中要触及的对象。
毛泽东对原红四方面军总指挥徐向前的态度是颇含深义的。西路军失败后，毛让徐向前留在延安，而将原四方面军的将领划归刘伯承、邓小平领导的一二九师指挥，只给徐向前一个副师长的头衔。1939年，毛命徐向前以八路军第一挺进纵队司令员的身份带领百余人的队伍进入山东，一年后旋即将徐向前召回延安。返回延安后，毛任命徐向前为留守兵团副司令员。徐向前除了偶而参加会议外，基本处于休养状态。毛泽东仍在继续观察徐向前。
在整风前夕，以“参座”著称于中共党和军队的叶剑英在中共上层的地位是颇为微妙的。叶剑英是中共为数不多的军人政治家，曾在苏联学习。1929年中东路事件期间，叶剑英曾与刘伯承一同在苏联远东军司令员加伦将军麾下工作。1931年进入中央苏区后，叶剑英长期在周恩来领导下从事红军总参谋部的工作，属于“红色军事专家”。红军长征结束后，叶剑英协助周恩来开展对西北军、东北军的统战谋划，以后又是长江局、南方局的主要成员之一，基本上已脱离了军队系统，直至1942年返回延安重新参与军委幕僚。尽管叶剑英既不统兵打仗，也无个人的干部班底，但他有留苏、和王明周恩来合作的经历，因此，“教条主义”和“经验主义”都和叶剑英沾上边。由于叶剑英并非决策人物，在长征期间毛与张国焘的斗争中曾助毛一臂之力，因此叶剑英将在整风运动中受到一定的触及，而非急风暴雨式的批判。
毛泽东在中共军中最不信任的对象是项英。1941年初皖南事变后不久，项英遇难，毛在军中最大的障碍已经排除，可是毛对新四军代军长陈毅也心存芥蒂。毛长久不能忘记1929年陈毅与朱德合作反对自己的往事，毛需要看到陈毅对当年这段历史公案的新认识，因此，陈毅也将是延安整风运动的触及对象。
由此可见，在四十年代初毛泽东与中共高级将领错综复杂的矛盾中，历史因素和毛的个人好恶占据很大的比重。这些矛盾又和毛泽东与王明、周恩来的矛盾紧密地交织在一起。毛为了一并解决这些矛盾，“毕其功于一役”，巧妙地运用自己身兼党、军领袖的双重身份，使自己处于任何人也无法反对的地位。
毛泽东在军队高级干部面前经常以党领袖的面目出现。毛告诫他们必须时刻牢记“我们的原则是党指挥枪，而决不允许枪指挥党”，实质是提醒军方不得无视毛的个人权威，必须无条件服从毛。
抗战爆发后，毛沿用中共治军的传统方法，并赋于新的内容。毛将忠实于自己的党的高级干部派往几个大战略根据地担任政治委员：由邓小平在太行山协助刘伯承，由刘少奇的老部下彭真在晋察冀协助聂荣臻，由刘少奇、饶漱石在华中协助、监督陈毅。这些皆是毛旨在巩固自己对军队领导的重大战略安排。
在更多的场合，毛泽东又以军方代言人自居。他警告党的高级领导人：“有了枪确实又可以造党”，“延安的一切就是枪杆子造出来的，枪杆子里面出一切东西”，①公开羞辱手无一兵一卒的王明、博古等。毛以军队为后盾，逼国际派交权，使王明等步步退却，无任何招架之力。
①毛泽东：《战争和战略问题》（1938年11月6日），载《毛泽东选集》第2卷（北京：人民出版社，1952年），页511。
毛泽东的第二副面孔符合军方的利益，有利于扩大军队在中共党内的影响，因此，尽管军队一些主要领导人本身也是整风运动所要触及的对象，但是毛仍可以获得中共军队对整风运动的支持。
于是，摆在中共军队高级领导人面前的路只有一条：平静地等待即将到来的整风运动的风暴，从速调整与毛泽东的关系，全力支持毛泽东为中共最高领袖。
