1941年9月中央政治局扩大会议后，毛泽东四面出击，向王明、博古、张闻天等国际派发起全面进攻。毛的进攻的步骤是先行夺回被国际派长期控制的意识形态宣传部门和延安各类学校的领导权，继而全面整肃党和军队中的留苏分子，用自己的思想彻底改造全党。中共中央党校的改组就是毛为实现这一目标，将两个战役一并进行的一次重大战略行动。
中央党校是中共为对党的中高级干部进行马克思主义基础训练而设置的干部教育机构，1933年3月以“马克思共产主义学校”之名创立于中央苏区“红都”瑞金。由于处在战争环境，设置极其简单，学制也较短，分别从两个月到六个月不等。1935年11月中央红军长征结束后不久，因长征而停办的“马克思共产主义学校”在陕北瓦窑堡复校并易名为“中共中央党校”。
虽然自1933年后，董必武长期具体领导中央党校，但是张闻天作为党在意识形态方面的最高负责人和前“马克思共产主义学校”校长，他在中央党校具有广泛的影响力，所以中央党校的教学安排或讲授内容一直都处在张闻天的直接或间接的控制下。1937年5月，董必武调任陕甘宁边区政府代主席，由李维汉接任中央党校校长。1938年3月政治局会议后，又改由康生担任校长一职。康生就任中央党校校长虽仅半年左右，但他在党校营造出的神秘紧张的气氛却给当年在党校学习的干部留下深刻的印象。①1938年11月中共六届六中全会后，中央党校校长一职空缺下来，陈云以中央组织部部长的身份代管中央党校，直至1939年底邓发担任中央党校校长为止。
作为中央政治局候补委员、原政治保卫局局长的邓发被任命为中央党校校长，是邓发在中共核心层的地位进一步衰落的反映。遵义会议后，毛迅速疏远与周恩来、博古关系密切的邓发。1935年10月，中央红军长征一抵达陕北，毛就将邓发贬为中华苏维埃政府西北办事处粮食部长，1936年6月，又以向共产国际汇报为借口，将邓发打发去莫斯科。1937年9月，邓发自苏联返国后，毛泽东不准邓发返回延安，而让邓发在迪化作地位较低的中共驻新疆代表和八路军驻新疆办事处主任。在中共实现战略大转移，加紧调兵点将，竭力发展军事力量的关键时刻，毛把邓发箍在远离国内政治中心的迪化，使邓发彻底丧失了在八路军、新四军建功立业的机遇。1939年未，邓发奉命返回延安，随即就任中共中央党校校长，1940年初又被任命为中共中央职工委员会书记。具有讽刺意味的是，这两个职务均是1938年春毛为考察刚从苏联返国的康生而有意让他担任的闲职，随着康生获得毛的信任，被任命为中央社会部部长，康生留下来的这两个闲职就改由昔日权倾一时的中共“契卡”首脑、今天正在走下坡路的邓发来填补了。在这段时期，邓发应张闻天的邀请，还曾前往马列学院，在张闻天主持的“十年苏维埃运动”全院大课上讲过苏区保卫工作。②
①宋平：《张闻天同志对于干部理论教育的贡献――重读<中央关于办理党校的指示>》，载《延安马列学院回忆录》，页38。
②雪苇：《在延安马列学院三班的听课回忆》，载《延安马列学院回忆录》，页123。
邓发是参加过1922年香港海员大罢工和组织1925年省港大罢工的中共党内少数出身工人阶级的著名领袖，一身兼有早期共产主义者清教徒式的理想主义和狂热的苏联崇拜者的性格特征。1935年后，因被剥夺了情报肃反大权和在中共核心层影响力的下降，邓发的狂热性大为减弱，开始对党内高层政治生活的复杂性逐渐有所认识。1936至1937年，邓发居苏联一年，参加了以王明为团长的中共驻共产国际代表团，和王明有了较多的工作联系。返回延安后，邓发对毛表现出有尊严的承认态度，但是并无曲意的奉承和吹捧，与毛的关系始终限于正常的工作范围。
邓发上任后不久，很快就因中央党校的课程设计问题与毛泽东发生了分歧。邓发就任中央党校校长时，已是毛提出“马克思主义的中国化”口号的一年后，中共文宣部门的气氛正在发生急剧的变化。1940年2月，中央党校的教学方针已被中央书记处规定为“由少到多，由浅入深，由中国到外国，由具体到抽象的原则”。① 然而这个时候的中共文宣大权仍由张闻天掌握，而邓发对莫斯科原教旨主义的敬意并未因自已境遇的改变而稍有减退。中央党校的教学计划尽管已作了较大的变动，但是作为中共干部理论教育的重镇，中央党校的学员，尤其是高级班的学员，仍需学习政治经济学、历史唯物论与辩证唯物论、近代世界革命史等课程。尽管教学课目已一再精简，但是毛泽东仍然很不满意，因为只要讲授这些课程就必然给那些留苏、留日的“红色教授”提供“掉书袋”的机会。
①《中央关于办理党校的指示》（1940年2月15日），载王仲清主编：《党校教育历史概述（1927―1947）》（北京：中共中央党校出版社，1992年），页212。
毛泽东另一个说不出的恼怒，则是邓发对学习毛的著作未予以足够的重视。毛相信，自己的著作是不大被“红色教授”看得起的。中央党校虽然也组织学员学习讨论毛的论文，但在毛眼中，这些大多属应景之举。特别令人生气和无可奈何的是，即使深受毛泽东青睐、被毛指定干部必读的《联共党史》，也不得不由那些号称精通俄文，熟悉苏联情况的“红色教授”来讲授，于是在毛泽东的眼里，中央党校不啻是一座被冥顽不化的“教条主义者”统治的堡垒。
毛泽东原先对中央党校并不十分重视，和军队相比，中央党校一类文宣单位在毛的政治天平上只占较轻的份量。对于信奉“枪杆子万能”的毛泽东而言，掌握并牢牢控制军队是其考虑一切问题的出发点――“有了军队可以造党”这句名言，最典型地反映了毛在军队与党关系上的“唯枪杆子”主义的倾向。因此，1935年后毛有意让国际派继续控制中共文宣阵地，作为对方让出军队领导权的一笔政治补偿。但是，随着毛泽东权力不断得到加强和巩固，毛已不满足于仅仅领导中共军队。毛现在已基本控制了党，并正努力以自己的意志全面改造党，正是到了这个时候，原先不甚被毛泽东看重的中央党校等一类单位就变得极其重要了，现在毛不仅有时间而且有精力来过问中央党校的“教条主义教学方法”了。
当然，毛泽东关心的绝不仅仅是中央党校的“教学改革”，他对中央党校之所以有强烈兴趣还基于另一现实考虑：根据中共中央原先的决定，中共七大将于1940年在延安召开，各根据地和国统区党组织推选的七大代表已陆续来到了延安。但是毛泽东并不愿在无绝对胜利把握的情况下召开七大，他迫使中央政治局接受自己的主张，将中共七大推迟举行。但是毛又不愿放这些代表返回原地，他要利用这一难得的时机对七大代表进行逐一的考察和清理。将七大代表安排进入中央党校学习，是毛泽东要求七大代表留在延安的最能说出口的理由，而中央党校又是安置这批干部的最佳场所。
在这种形势下，中央党校的责任不可谓不大也。一方面，中央党校要进行自身的改造，另一方面，它又被毛赋予了特别任务。显然，邓发将不足以承担如此重大的使命，无论是邓发对毛的态度，抑或是邓发与王明等国际派的关系，都使毛对邓发不能放心。
但是，邓发毕竟是中央政治局的成员，毛一时又没有充足的理由可将邓发的校长职务罢免，于是，毛泽东再次施出他惯用的“掺沙子”办法――继续保留邓发的校长职务，但调彭真任中央党校教育长，让彭真掌握中央党校的具体实权，从而架空邓发。
1941年上半年，毛泽东将担任中共晋察冀分局书记的彭真从华北调回延安。同年12月，毛泽东对中央党校进行第一次改组，邓发虽然继续留任校长一职，但却又在中共中央内专设一个中央党校五人管理委员会，用以分散邓发的领导权限。该管理委员会除邓发为委员外，毛的两个重要助手彭真、陆定一，以及中央组织部的王鹤寿、军委总政治部的胡耀邦也名列委员之中。①
离中央党校第一次改组不到三个月，整风运动就在延安全面展开，一时延安各机关、学校高干约三百至四百人被集中进中央党校。为了落实毛的整风计划，1942年2月28日，中央政治局发布《关于党校组织及教育方针的新决定》，宣布对中央党校进行第二次改组。这次毛泽东亲自出马，任命政治地位远逊于邓发的彭真为中央党校主管整风运动的最高负责人。毛又一次施出釜底抽薪的谋略，将中央党校的领导权进一步分散，宣布将党校划归中央书记处直接领导，由毛泽东负责对中央党校的政治指导，任弼时负责组织指导，日常工作由邓发、彭真、林彪组成的管理委员会主持，取消1941年12月成立的党校管理委员会。②这次改组后，邓发虽继续留任党校校长，但他的权限已被削夺殆尽，仅负责主持教务会议。彭真则被委以主持权力极大的政治教育会议，并和陆定一一道主编指导整风的刊物《学习报》。至于林彪，虽被责成主持中央党校的军事会议，但林彪并没到中央党校就职，而是前往重庆代表毛与蒋介石会面，并留在重庆中共代表团，直至1943年7月才返回延安。
经过第二次改组，原先对党校工作事无巨细“都事必躬亲”的邓发在中央党校已成了一个光杆校长。从现有资料看，邓发没有对毛作出任何抵抗，他平静地接受了这种屈辱性的安排。不仅如此，邓发在公开场合对毛泽东的整风计划还表示了一般性的支持。③然而他仍被完全排除在彭真领导的整风领导核心之外，而他所负责的教务会议也因中共中央下令中央党校废除原有的所有课程，事实上已名存实亡。④这样，邓发这位被中央党校炊事员、勤务员亲切地称呼为“邓大哥”的政治局候补委员兼中央党校校长，在党校已处于无事可干的境地，邓发除了过问一下党校的蔬菜生产和扩大猪圈等一类杂事，⑤只得将工作重点转入延安的中央职工运动委员会。
①王仲清主编：《党校教育历史概述（1921―1947）》，页126、255。
②王仲清主编：《党校教育历史概述（1921―1947）》，页126、255。
③1942年2月1日，邓发主持了中央党校开学典礼，就是在这次大会上，毛泽东作了有名的《整顿学风、党风、文风》的演说。在毛报告前，邓发在会上作的开场白里提出将以克服教条主义与主观主义作为党校教育的新方针。整风运动开始后，邓发经常在一些场合以自己经历讲述“工农分子与知识分子结合的必要”。参见《中共党史人物传》，第1卷（西安：陕西人民出版社，1980年），页363。
④中共中央政治局于1942年2月28日作出的《关于党校组织及教育方针的新决定》明确规定，中央党校“停止过去所定课程，在本年内教育与学习党的路线”。参见王仲清主编：《党校教育历史概述（1921―1947）》，页255。
⑤《中共党史人物传》，第1卷，页364。邓发、项英、彭德怀是中共局面改善后少数几个仍保留有早期共产主义者清教徒式工作和生活习惯的高级领导人。1939年底邓发自新疆返回延安后，发现一些人已开始追逐生活享受，对此邓发十分气愤，他感叹道：“我们党是一个劳动阶级的党，但是现在，一小部分人已经忘本了。”参见司马璐：《斗争十八年》（节本），页74。
1943年3月，邓发挂名中央党校校长的日子正式结束。邓发被解除了中央党校校长的职务，被打发到由刘少奇担任书记的中央组织委员会的下属单位民运工作委员会作一名空头书记。毛泽东亲自兼任中央党校校长，彭真、林彪担任副校长。林彪之被毛泽东挑选作党校副校长具有重要的象征意义，毛需要借用林彪的军人身份，震慑党机关和党的高级干部。
然而林彪对此新职似乎并无兴趣，他固然全力支持毛泽东，却不愿多出头露面，更不愿以自己的手去惩治别人。对林彪的倦怠，毛泽东表示宽宏大量，他允许林彪只挂副校长的头衔，不到中央党校去视事，而将中央党校的日常工作交彭真主持。
至此，中央党校完成了它的第三次改组。
