“抢救运动”对中央军委直属机关也造成极大的冲击。设在延安王家坪的中央军委是毛泽东指挥八路军、新四军的最重要机构，毛泽东也通过军委的电讯系统搜集各根据地的动态以及国统区的各项情报。进入1943年后，原中央军委副主席王稼祥已靠边站，自1941年2月担任中央军委参谋长的叶剑英，其职权范围仅限于作战谋划、军事情报搜集等业务领域，对审干等政治工作的影响力很小。实际上，军委系统的审干、抢救领导权，基本掌握在康生机关手中。
在审干、“抢救”展开后不久，担任军委秘书长兼政治部秘书长的陶铸很快被“挖”出来。选择陶铸作为靶子，是因其在1933至1937年被国民党拘押于南京中央军人监狱，被怀疑有“特务”嫌疑。当时陶铸还兼任王稼祥的政治秘书，打击陶铸也有暗打王稼祥的用意。
陶铸被隔离审查后，情绪极为愤懑。当社会部干部李逸民前去探视他时，陶铸“暴跳如雷地在骂娘”。③陶铸落难迟于柯庆施，他曾在柯庆施被隔离后，前往软禁柯的窑洞探望过他。在延安审干、抢救中的这段遭遇，以后成了联络陶铸与柯庆施的感情纽带。
③李逸民：《参加延安“抢救运动”的片断回忆》，载《革命史资料》，第3辑（北京：文史资料出版社，1981年），页37。
柯庆施与陶铸这两位有过白区工作长期经历的干部与刘的关系一直比较冷淡，而刘少奇在审干中位居决策地位，极有可能插手过对柯庆施、陶铸的审查。当毛泽东对柯、陶伸出援手后，这两人就成了死命效忠毛的大将。1949年后，柯庆施、陶铸皆获毛泽东重用，六十年代初分任地位极显赫的中共华东局和中南局第一书记的职位。1953年陶铸还一度涉入当时高层领导人内部对刘少奇的批评议论（即“高岗事件”），也是因毛泽东的保护才未被打入“高饶反党集团”，事后继续获毛泽东的重用。1965年柯庆施病逝，陶铸极为难过，曾在家中悲伤落泪。1966年春夏，毛泽东调陶铸入中央，实指望利用陶铸与刘少奇的宿怨向刘少奇开炮。在中共八届十一中全会上，毛泽东将陶铸一下提拔为中共第四号人物。谁知陶铸竟辜负毛泽东的厚望，不忍对刘少奇过份打击，在被多次提醒后仍无改变，终遭毛泽东的抛弃。柯庆施则因早逝，未卷入文革，但江青在六十年代初于上海策划反刘少奇的阴谋，得到了柯庆施的全力支持。1943年在延安被整的柯庆施和陶铸，成为毛泽东手中掌握的日后对付刘少奇的两颗棋子。
中央军委直属单位在“抢救”中受到严重冲击，使日常业务工作几乎一度陷于停顿。
中央军委总参谋部下辖三个局：一局负责作战指挥，由伍修权任局长；二局负责情报收集与分析，由曹祥仁任局长；三局主管通讯，主要负责延安与各根据地的电讯联络，负责人为宁都暴动后加入红军的王铮。由于军委所属三个局从事的工作极具机密性，工作人员都已经过严格的审查，他们需要与家庭断绝通信联系，出门要与人同行。①尽管如此，在“抢救”中还是揪出了大量“特务”。
有关军委一局审干、“抢救”的详情至今仍缺乏资料，目前所知的仅是周秋野等受迫害的零星情况。在军委一局测绘科工作的周秋野（七十年代至八十年代曾任中国驻捷克斯洛伐克大使），在审干过程中受到车轮战和逼供信的迫害。另据伍修权透露，一局的协理员张炽昌因为曾经在国统区做过兵运工作，也被关押起来，负责审查和看管他的人“竟蓄意折磨他，在给他吃的饭里加了盐，又不给水喝”。张炽昌被迫上吊自杀，幸亏被人发现，才得以生还。②
军委二局的审干、反奸与所有军委直属单位一样，受总学委和军直机关学分会领导，实际领导者仍是康生。当时年仅二十九岁、担任总政治部组织部长的胡耀邦作为军直系统整风领导小组成员，也曾参与领导二局的审干、反奸。
从1942年12月始，二局陆续发现“内奸特务分子”。在1943年4月1日大逮捕被抓获人员中，其中有二局的四个人。康生很快将这四人放回二局，要他们作坦白示范。
1943年4月15日前后，胡耀邦主持二局坦白大会，号召大家提高警觉，“嗅奸”、“监奸”、“证奸”，同时也提醒不得冤枉好人。③会后，在很短时间内，二局共收到十余万字的检举材料。二局还创造出一整套劝说坦白分子的办法：“善劝、亲劝、你劝、我劝、软劝、笔劝、硬劝”等，甚至还发明了一种“雷公劈豆腐”的办法，即先集中攻下动摇分子，再对付顽固分子。④到5月上旬，二局已有十人坦白，运动迅速走向热潮。
①《延安马列学院回忆录》，页171。
②伍修权：《回忆与怀念》（北京：中共中央党校出版社，1991年），页195-96。
③陈永发：《延安的阴影》，页230、241-42。
④陈永发：《延安的阴影》，页230、241-42。
在群众已充份发动的形势下，胡耀邦愈来愈趋向冷静，他在5月6日划出四条政策界限：一、严禁打人骂人；二、非经委员会批准，不得捆人；三、没有充分证据，不得逼供；四、严防自杀。
对于二局的运动，社会部极为重视，①康生派李克农前来二局亲临指导，要求进一步开展坦白运动，挽救陷于特务泥沼的失足者。李克农并表示，对已坦白者，党保证他们有光明的前途。在这种形势下，一方面，胡耀邦布置开展新一轮坦白运动；另一方面，他也不失时机地强调要注意政策。胡耀邦提出，应控制检举次数，以书面检举代替口头检举；自首分子也应“实事求是”，“有冤枉就说出来，不要害怕，负责审干的领导，应为受冤人员申冤辩解”。②这些情况都说明胡耀邦和那些利用审干、反奸蓄意整人的干部有本质上的区别。
军委三局是军委几个局中工作人员最多的一个局，有工作人员近千名，大多为抗战后投奔延安的青年知识分子。在审干、反奸中，三局电讯学校二百人中有一百七十人被扣押、遭斗争，三局各科室大多数工作人员随后都被打成“叛徒”和“特务”。由于三局“特务成堆”，一段时间，延安总部与各地的电讯联络已难以为继。
由于三局所负责的工作极端重要，因此当1944年元旦，王铮率三局工作人员给毛泽东拜年时，毛向三局受审问者表示了歉意，首先解脱了他们。
中国人民抗日军政大学（简称抗大）的前身是瑞金时期的中国工农红军学校，1936年6月易名为中国人民抗日红军大学（简称红大），1937年春正式定名为中国人民抗日军政大学。全面抗战爆发后，毛泽东一再指示，抗大要向全国革命青年大开入学之门，把抗大招生的广告从延安贴到西安，每根电线杆都贴上一张。③在中共的感召下，大批外来知识青年投奔延安，进入抗大学习，使抗大的规模不断扩大。1939年6月，因边区粮食困难，中央政治局决定抗大总校转移到晋东南，1943年春，延安又命令抗大总校返回陕甘宁边区，移驻绥德，并将延安军事学院、抗大两个分校等合并于抗大总校，任命徐向前为抗大校长，李井泉为政治委员，何长工、彭绍辉为副校长。此时全校共有学员六千余人。
抗大的整风、审干开始于1943年8月。运动初期，在以徐向前为书记的抗大总学委的领导下，一切进展平稳。徐向前领导成员讲红四方面军肃反扩大化的教训，提醒大家头脑保持清醒。④但是随着中央社会部派出以黄志勇为首的整风审干工作组到达抗大，形势迅速恶化。从1943年10月中旬到12月下旬，全校开展了深挖“反革命”、“特务”的“全面突破”竞赛。
①陈永发：《延安的阴影》，页237、240-41。
②陈永发：《延安的阴影》，页241。
③李志民：《革命熔炉》（北京：中共党史资料出版社，1986年），页241。
④《当代中国人物传记》丛书编辑部编：《徐向前传》（北京：当代中国出版社，1992年），页399。
徐向前在晚年出版的回忆录《历史的回顾》中详细地描述了抗大“抢救”的场景：
此后两个月的时间里，抗大整风被弄得一塌糊涂。名堂多的很，什么“即席坦白”、“示范坦白”、“集体劝说”、“五分钟劝说”、“个别谈话”、“大会报告”、“抓水萝卜”（外红内白），应有尽有。更可笑的是所谓“照相”：开大会时，他们把人一批批地叫到台上站立，让大家给他们“照相”，如果面不改色便证明没有问题，否则即是嫌疑分子、审查对象。他们大搞“逼供信”、“车轮战”……真是骇人听闻。①
自从延安中社部派来的工作组进驻抗大总校后，徐向前事实上已被靠边站，在这种形势下，他已无事可做，只得于10月下旬返回延安。
徐向前经历过党内长期的残酷斗争，对极左的一套始终持有警惕的态度，返回延安后，他仍然经常过问抗大总校的运动情况，但他根本无法正面对抗这场由毛泽东、康生直接领导的运动。②
和徐向前相比，抗大总校的其它领导人态度就不那么冷静了。韦君宜当时在绥德，亲耳听到抗大一位副校长介绍抗大的反特斗争原则。这位副校长说：别人说反对逼供信，我们就来个信供逼。我们先“信”，“供”给你听，你不承认，我们就“逼”！韦君宜说，这个副校长后来在文革中“闹得全家惨死”，“我不知道他曾否回想过1943年他自己说的这些话！”③
在极左风暴的袭击下，抗大总校在1052个排以上干部中，共挖出“坦白分子”、“嫌疑分子”、“特务分子”602人，占总人数的57.2％。在干训队496人中，“嫌疑分子”竟达373人，其比例为75.2%。④
陕甘宁晋绥联防司令部所属部队是驻守延安地区的卫戍部队，由贺龙担任司令员。该司令部所辖的中共唯一一个炮兵团，因八路军基本从事游击作战，炮兵团派不上用途，所以一直被置放在南泥湾搞开荒生产，与外界处于半隔绝状态，该团许多干部甚至对延安动态也知之甚少。炮团干部整体文化素质较高，有不少人在苏联学习过，仅教导营就有近二百名知识分子。在“抢救”中，炮团90%的人被打成特务分子，有个模范连的干部100%被打成“特务分子”。确定“特务”的标准非常简单：出身知识分子，来自国统区，不是“日特”就是“国特”；若原是中共地下党员，则是“红旗党”、“假党员”、“叛徒”。炮团参谋徐昭，因其父在国统区煤窑上管财务，他就顺理成章被打成了“特务”。⑤
①《徐向前传》，页346；另参见李志民：《革命熔炉》，页130-31。
②《当代中国人物传记》丛书编辑部编：《徐向前传》（北京：当代中国出版社，1992年），页400。
③韦君宜：《思痛录》，页18。
④《当代中国人物传记》丛书编辑部编：《徐向前传》（北京：当代中国出版社，1992年），页399-400。
⑤郭化若：《我军第一所炮兵学校的组建》，载《中共党史资料》，第41辑，页134-35。
